특수법인 등기

특수법인의 등기사항은 그 법인을 만든 특별법령이 정하는 것이 원칙이다(민법법인 및 특수법인 등기규칙 제5조 제1항). 상법이 회사에 관해 정한 등기사항이나 민법이 민법법인에 관해 정한 등기사항이 특수법인에 당연히 오지 않고, 어느 법령도 등기사항으로 정하지 않은 사항은 공시할 필요가 있어도 등기할 수 없으며 당사자의 의사만으로 등기사항을 만들 수도 없다(상업등기선례 제201603-1호).

다만 개별 특별법령만 보는 것으로는 부족하다. 법인의 등기사항 등에 관한 특례법 제1조는 특별법에 따라 설립된 법인·상사법인·민법법인을 함께 규율한다. 그 법은 임원을 등기할 때의 표시방법을 정하고, 분사무소 설치와 사무소 이전을 공통 등기사항으로 정한다. 민법법인 및 특수법인 등기규칙 제6조도 성질에 반하지 않는 범위에서 민법과 상업등기규칙의 여러 규정을 준용한다. 개별 특별법령 → 특례법·등기규칙의 공통 규정 → 준용되는 민법·상업등기법 순으로 본다.

쉽게 말하면 — 회사 등기부에 올라가는 항목이라고 해서 특수법인 등기부에도 올라가는 것이 아닙니다. 특수법인은 그 법인을 만든 법(새마을금고법, 사립학교법, 사회복지사업법 같은 개별 법률)과 법인등기 특례법령이 등기사항으로 정한 항목만 등기합니다. 그래서 정관에 아무리 명확하게 적어 두어도, 어느 적용 법령에도 없는 항목이면 등기소가 받아 주지 않습니다. 실무에서 특히 확인할 쟁점은 직무대행자, 지배인, 대리인입니다.

특수법인은 무엇을 말하나

「민법」과 「상법」 외의 법령에 따라 설립된 법인이 특수법인이다(민법법인 및 특수법인 등기규칙 제1조). 새마을금고, 신용협동조합, 농업협동조합·수산업협동조합·축산업협동조합, 사회복지법인, 학교법인, 도시정비법상 재건축·재개발조합, 각종 공사·공단이 여기에 든다. 법인마다 등기사항과 첨부서면이 달라 개별 특별법령을 봐야 한다. 새마을금고는 「새마을금고법」이 설립등기부터 청산종결등기까지 직접 정한다(새마을금고 등기실무). 반대로 사회복지법인은 사회복지사업법 제16조 제2항이 설립등기 의무만 두고 등기사항 목록을 두지 않아, 사회복지사업법 제32조에 따라 준용되는 민법의 규정에서 등기사항을 찾는다(사회복지법인 등기실무). 재건축·재개발 정비사업조합은 도시정비법이 법인격과 등기 시기를 정하고 시행령이 등기사항 목록을 정한다(정비사업조합 등기실무, 정비사업조합 해산·청산등기). 농업·수산업협동조합과 신용협동조합도 각자의 특별법과 시행령이 등기사항을 정한다(농협·수협 등기실무, 신용협동조합 등기실무).

민법법인과는 등기부가 다르다. 규칙이 「상업등기규칙」의 등기부 종류 규정을 준용하면서 그 종류를 민법법인등기부·특수법인등기부·외국법인등기부로 치환한다(민법법인 및 특수법인 등기규칙 제6조 제1항 후단). 상업등기부에 오르는 회사와도 다르며, 상업등기의 여러 제도가 그대로 오지 않는다.

다만 이 세 가지가 전부는 아니다. 개별 특별법령이 자기 법인만의 등기부를 따로 두게 한 경우에는 그 등기부에 기록한다. 관할 등기소는 「새마을금고 등기부」를 갖추어 두어야 하고(새마을금고법 제53조), 등기소는 「신용협동조합등기부」를 따로 갖추어 두어야 한다(신용협동조합법 제4조 제2항). 법인등기 규정을 특수법인에 적용시키는 연결조문에도 그 법령에 특별한 규정이 있으면 적용하지 않는다는 단서가 붙어 있다(비송사건절차법 제67조 제1항). 어느 등기부로 신청하는지가 여기서 달라진다.

무엇을 등기할 수 있나

특별법령이 등기사항으로 정한 것만 등기한다. 어떤 사항을 등기사항으로 할지는 입법정책의 문제이므로, 공시할 필요성이 크다는 사정이나 당사자의 합의는 등기사항을 만들지 못한다(상업등기선례 제201603-1호).

규칙 제5조가 정하는 것은 둘로 나뉜다. 제2항은 등기사항이다. 특별법령에 따라 주사무소나 분사무소 업무에 관해 재판상·재판외의 모든 행위를 할 수 있는 대리인을 선임한 때에는 주사무소 소재지에서 대리인을 둔 뜻을 등기한다. 제3항은 등기사항이 아니라 첨부서면 요건이다. 자본금을 등기해야 하는 특수법인은 설립등기와 자본금 증액 변경등기 신청서에 납입·급부를 증명하는 서면을 붙인다(민법법인 및 특수법인 등기규칙 제5조).

특별법령의 목록 밖에도 공통 등기사항이 있다. 임원을 등기할 때에는 주민등록번호를 적고 대표권 없는 임원은 주소를 적지 않는다(법인의 등기사항 등에 관한 특례법 제2조). 분사무소나 지점을 설치하면 그 소재지와 설치 연월일을 등기하고(법인의 등기사항 등에 관한 특례법 제3조 제1항), 사무소를 이전하면 새 소재지와 이전 연월일을 등기한다(법인의 등기사항 등에 관한 특례법 제3조의2).

설립등기 사항 목록을 그 법인 등기 전체의 목록으로 읽지 않는다. 개별 특별법이 정한 목록은 설립등기에 무엇을 적는지를 말할 뿐이고, 변경등기·이전등기·분사무소·해산·청산종결은 각각 별도의 조문이 정한다.

등기 절차에는 어떤 법이 적용되나

개별 특별법령에 다른 규정이 없으면 관할등기소는 주된 사무소 소재지를 관할하는 지방법원·지원 또는 등기소다. 주무관청이 어디인지는 관할과 무관하다(비송사건절차법 제60조 제1항, 비송사건절차법 제67조 제1항).

절차는 「비송사건절차법」이 정한다. 그 법의 법인등기 규정을 특수법인에 적용시키는 연결조문은 비송사건절차법 제67조 제1항이고, 그 법령에 특별한 규정이 있거나 성질상 허용되지 않으면 적용하지 않는다는 단서가 붙는다. 그 위에서 비송사건절차법 제66조가 상업등기법의 여러 규정을 준용한다. 규칙은 여기에 더해 「상업등기규칙」과 「민법」의 일부 규정을 성질에 반하지 않는 범위에서 준용한다(민법법인 및 특수법인 등기규칙 제6조). 준용은 목록으로 정해져 있으므로, 목록에 없는 조문은 오지 않는다. 아래 직무대행자 문제의 결론이 그 목록에서 나온다.

정관이 정한 직무대행자는 등기되나

등기할 수 없다. 정관이나 조례가 대표자 유고 시 직무를 대행할 사람을 정해 두었더라도 그것은 법률상 등기사항이 아니다.

특수법인정관·조례상 근거결론
중소기업협동조합중앙회정관에 따라 임시총회가 회장직무대행자 지명등기 불가(상업등기선례 제1-434호)
서울특별시도시철도공사조례·정관에 따라 이사가 사장 직무 대행등기 불가·인감 제출도 불가(상업등기선례 제2-155호)
지방체육회정관상 직무대행자등기 불가(상업등기선례 제202203-2호)

지방체육회의 사례는 준용의 한계를 잘 보여 준다. 「국민체육진흥법」은 등기사항을 따로 정하지 않고 민법 중 사단법인에 관한 규정을 준용하는데, 그 민법에도 정관상 직무대행자를 등기사항으로 정한 조문이 없다. 준용의 종착지에 근거가 없으면 결국 등기할 수 없다(상업등기선례 제202203-2호).

법원이 직무대행자를 선임하면 등기되나

법원의 가처분으로 대표자의 직무집행이 정지되거나 직무대행자가 선임되어도, 그 특별법령이 직무집행정지·직무대행자를 등기사항으로 정하고 있지 않으면 등기할 수 없다(상업등기선례 제1-436호).

민법법인과 결론이 다르다. 민법법인은 민법 제52조의2이사의 직무집행을 정지하거나 직무대행자를 선임하는 가처분과 그 변경·취소를 주사무소 소재지 등기소에 등기하도록 정한다. 이 조문은 2001년 12월 29일 신설됐고, 그전에는 민법상 사단법인의 회장 직무대행자도 등기할 수 없었다(상업등기선례 제1-325호).

규칙의 준용만으로는 이 조문이 오지 않는다. 규칙이 특수법인의 등기에 준용하는 민법 규정은 제50조부터 제52조까지와 제85조·제94조인데, 제52조의2는 그 목록에 없다(민법법인 및 특수법인 등기규칙 제6조 제3항).

다만 개별 특별법령이 근거를 두면 결론이 달라진다. 근거가 오는 길은 세 가지다.

경로결론
특별법이 민법 제52조의2를 직접 준용사립학교법 제13조는 학교법인의 설립에 관하여 민법 「제50조부터 제52조까지」와 제52조의2를 따로 적는다등기한다(학교법인 등기실무)
특별법이 민법 중 사단법인에 관한 규정을 일반적으로 준용도시 및 주거환경정비법 제49조는 조합에 이 법에 규정된 사항을 제외하고 민법 중 사단법인에 관한 규정을 준용한다그 준용으로 판단한다(정비사업조합 등기실무)
특별법이 상법 제407조를 준용새마을금고법 제26조 제1항은 금고의 임원에 상법 제407조와 직무대행자의 권한을 정한 상법 제408조를 준용한다등기한다(상법 제407조 제3항, 새마을금고 등기실무)

사립학교법 제13조가 「제50조부터 제52조까지」와 제52조의2를 나란히 적었다는 사실 자체가, 규칙 제6조 제3항의 「제50조부터 제52조까지」에 제52조의2가 들어가지 않는다는 읽기를 뒷받침한다.

그래서 판단 순서는 언제나 같다. 규칙의 일반 준용이 아니라 그 법인의 특별법령부터 본다. 규칙 목록에 제52조의2가 없다는 사실만으로 가처분 등기를 거절하지 않는다.

등기된 직무대행자는 무엇을 할 수 있나

등기가 되더라도 직무대행자의 권한은 통상업무에 그친다. 가처분결정으로 선임된 직무대행자는 피대행자의 직무를 대행하는 임시의 지위에 있을 뿐이므로, 법인을 종전과 같이 유지하면서 관리하는 한도의 통상업무에 속하는 사무만 할 수 있다. 법원의 허가를 얻거나 가처분결정에 다른 정함이 있는 경우가 아니면, 대표권 있는 이사의 직무대행자가 사원총회를 소집하여 임기만료된 이사들의 후임이사를 선임할 수 없고, 그 선임 사실을 적은 사원총회 의사록을 붙여 이사변경등기를 신청할 수도 없다(상업등기선례 제2-112호).

직무대행자가 있는 동안의 인감 제출자도 정해져 있다. 법원의 결정으로 선임된 직무대행자가 있으면 그 직무대행자만 인감 제출자에 해당하고, 총회에서 적법하게 선임된 후임자라도 가처분결정이 취소되지 않는 한 인감 제출자가 아니다. 다만 가처분채권자가 본안소송에서 승소하여 판결이 확정되면 가처분은 목적을 달성하여 당연히 효력을 잃으므로, 후임 대표자는 가처분등기 말소를 신청해 말소한 뒤 인감을 제출할 수 있다. 대표자 변경등기에 붙이는 총회 의사록은 인증 제외대상 법인이 아닌 한 반드시 공증인의 인증을 받아야 하는데, 전임 대표자나 직무대행자가 법인 인감 날인을 거부하거나 소재불명이면 결의에 참석한 의장이나 출석한 이사가 작성한 확인서로 결의의 진실성을 확인받아 인증받을 수 있다(상업등기선례 제201905-2호).

임시대표이사·임시임원은 직무대행자와 어떻게 다른가

정관상 직무대행자와 법원의 가처분 직무대행자 말고도, 감독기관이 선임하는 임시대표이사·임시임원이라는 부류가 따로 있다. 특별법령이 이들을 등기사항으로 정해 두면 등기한다. 앞의 직무대행자와 결론이 반대이므로 부르는 이름이 아니라 근거 조문으로 나눈다.

부류결론
이사회가 정하는 직무대행 이사새마을금고법 제19조 제3항 본문등기하지 못한다(상업등기선례 제1-392호)
중앙회장이 지정하는 임시대표이사같은 항 단서변경등기 대상이다(새마을금고법 제47조 제1항)
주무부장관이 선임하는 임시임원새마을금고법 제74조의2 제4항지체 없이 등기하고, 게을리하면 등기를 촉탁한다
금융위원회가 선임하는 임시임원신용협동조합법 제84조 제4항지체 없이 등기하고, 게을리하면 등기를 촉탁한다(신용협동조합 등기실무)
시·도지사가 선임하는 임시이사사회복지사업법 제22조의3 제1항등기하지 못한다(사회복지법인 등기실무)

같은 「임시」라도 사회복지법인과 학교법인의 임시이사는 등기사항이 아니고, 새마을금고와 신용협동조합의 임시임원은 등기의무가 있다. 그 차이는 특별법령이 등기하라고 적었는지에서만 나온다.

지배인을 둘 수 있나

지배인을 선임할 수 있는 자는 상인이다(상법 제10조). 특수법인이 상인에 해당하지 않으면 상법상 지배인을 선임하거나 지배인등기를 신청할 수 없다. 대법원은 농업협동조합법에 따라 설립된 조합이 조합원을 위한 봉사를 목적으로 할 뿐 영리를 목적으로 하지 않으므로 상인이라 할 수 없다고 판시했다(99다53292).

일부 활동에서 상인성이 인정되어도 결론은 같다. 농업협동조합법상 품목별·업종별 협동조합이 비조합원 대출로 특정 범위에서 상인성을 인정받더라도, 지배인은 특정 행위에 한정되지 않고 영업 전반에 미치는 포괄적 대리권을 가지므로(상법 제11조) 그 성질이 품목조합의 특정성과 양립하지 않는다. 그래서 상인성이 인정되는 범위에서도 지배인을 둘 수 없다(상업등기선례 제202108-1호).

대리인은 등기할 수 있나

특별법령이 근거를 둔 경우에만 등기한다. 특별법령이 주사무소나 분사무소 업무에 관해 재판상·재판외의 모든 행위를 할 수 있는 대리인을 선임할 수 있게 한 때에는, 주사무소 소재지에서 대리인을 둔 뜻을 등기한다(민법법인 및 특수법인 등기규칙 제5조 제2항). 산림조합 간부직원이 그 예로, 지배인으로는 등기할 수 없지만 대리인으로는 등기한다(상업등기선례 제2-149호).

근거 규정이 없으면 등기할 수 없다. 「여객자동차 운수사업법」에 따라 설립된 조합, 「협동조합 기본법」에 따라 설립된 사회적 협동조합은 분사무소의 지배인·대리인이 등기사항으로 규정돼 있지 않아 등기할 사항이 아니다(상업등기선례 제202106-1호, 상업등기선례 제202106-2호). 민법에 따라 설립된 비영리 사단법인의 분사무소 대리인 선임등기도 관련 법령상 등기사항이 아니어서 등기능력이 없고, 그 신청은 각하사유에 해당한다(상업등기선례 제201902-1호).

근거 없이 이미 등기되어 있으면 말소한다. 서울올림픽기념국민체육진흥공단은 근거 법령인 국민체육진흥법에도, 준용되는 민법 중 재단법인에 관한 규정에도 대리인을 등기사항으로 하는 규정이 없는데, 그런데도 대리인이 등기되어 있다면 공단이 말소를 신청할 수 있고 등기관도 일정한 절차를 거쳐 직권으로 말소할 수 있다. 등기사항이 아님이 관계 법령상 명백하므로 말소 신청서에 등기할 사항이 아님을 증명하는 서면을 붙일 필요는 없다(상업등기선례 제2-146호).

공단별 결론은 그 법의 개정 이력을 확인하고 쓴다. 선례가 근거 없음을 이유로 대리인등기를 막았더라도 그 뒤 근거가 신설된 예가 있다.

법인선례의 결론그 뒤의 개정
중소벤처기업진흥공단근거 없어 대리인등기 불가(상업등기선례 제2-11호, 2012. 4.)2012년 12월 중소기업진흥에 관한 법률 제73조의3 신설, 중소기업진흥에 관한 법률 시행령 제76조의2가 선임 후 2주일 내 등기하도록 정한다
소상공인시장진흥공단근거 없어 대리인등기 불가(상업등기선례 제201603-1호, 2016. 3.)2019년 8월 소상공인 보호 및 지원에 관한 법률 제17조의3 신설로 선임 근거가 생겼다

두 선례의 일반 법리(등기사항은 법령이 정하고 당사자 의사로 만들 수 없다)는 그대로 쓰되, 공단별 결론은 현행 조문에서 다시 확인한다. 대리인등에 관하여 다른 법령이 등기의무를 부과한 경우의 등기장소와 대상에 관한 공통 규정은 법인의 등기사항 등에 관한 특례법 제3조 제2항이다.

대리인등기가 되는 법인에서는 그 뒤의 절차 문제가 이어진다.

  • 대리권의 범위 제한은 등기하지 못한다. 특별법령에 따라 선임된 대리인은 업무에 관한 모든 재판상·재판외의 행위를 할 수 있는 포괄적 대리권을 가진다. 내부 규정에 따른 일정한 업무에 대해서만 대리권이 있는 것으로 제한하는 내용의 등기는 신청할 수 없다. 여러 대리인이 공동으로만 대리권을 행사하게 하는 제한은 별론이다(농업기반공사, 상업등기선례 제1-435호).
  • 본점 대리인을 지점 대리인으로 바꾸는 것은 이전등기가 아니다. 본점에 두었던 대리인을 특정 지점의 대리인으로 선임하면서 본점 대리인 지위를 해임했다면, 그 지점에서는 대리인선임등기를, 본점에서는 대리인소멸등기를 각각 하며, 대리인을 둔 장소의 변경등기를 할 것은 아니다(기술신용보증기금, 상업등기선례 제1-430호).
  • 대리인의 인감도 제출할 수 있다. 군지부장을 대리인으로 선임등기한 경우 관할등기소에 그 대리인의 인감을 제출할 수 있고, 군지부장의 직인으로 제출해도 무방하다. 다만 규격은 변의 길이 3cm의 정사각형 안에 들어갈 수 있고 변의 길이 1cm의 정사각형 안에 들어가는 것이 아니어야 한다(농어촌진흥공사, 상업등기선례 제1-412호).
  • 등기할 곳은 개별 법령이 달리 정할 수 있다. 전문건설공제조합의 이사장이 선임한 대리인은 정관 규정과 무관하게 주사무소와 모든 지부사무소 소재지 관할등기소에 선임등기를 해야 했고, 일부에만 했다면 나머지 지부 소재지에도 해야 한다(상업등기선례 제1-406호). 당시 근거였던 전문건설공제조합법은 1996년 폐지되어 지금은 「건설산업기본법」이 규율하므로, 현행 조문에서 등기 장소를 다시 확인한다.

분사무소는 등기할 수 있나

분사무소와 그 분사무소에 두는 지배인·대리인은 별개로 판단한다.

분사무소 등기의 현행 일반 근거는 법인의 등기사항 등에 관한 특례법 제3조 제1항이다. 특별법에 따라 설립된 법인이 분사무소나 지점을 설치하면 주사무소 소재지에서 그 소재지와 설치 연월일을 등기한다. 신청서에 분사무소의 명칭을 적었으면 그 명칭도 등기한다(법인의 등기사항 등에 관한 특례규칙 제3조).

등기기간은 이 특례법에 없다. 특례법 제3조 제1항은 무엇을 등기하는지만 정하고 언제까지 하라는 기간을 두지 않는다. 기간은 규칙이 준용하는 민법 제50조에서 온다. 규칙은 특수법인의 등기에 성질에 반하지 않는 한 민법 제50조부터 제52조까지를 준용하므로(민법법인 및 특수법인 등기규칙 제6조 제3항), 그 특별법이 민법을 준용하는지와 무관하게 제50조가 적용된다. 분사무소를 설치한 때에는 주사무소 소재지에서 3주일 내에 분사무소의 소재지와 설치 연월일을 등기한다. 그 특별법이 민법 중 사단법인에 관한 규정을 따로 준용하고 있으면 그 준용으로도 같은 결론에 이른다.

사무소 이전은 별도 조문이다. 특례법 제3조의2가 사무소 이전의 등기사항을 정하고, 기간은 규칙 제6조 제3항이 준용하는 민법 제51조에서 온다. 주사무소를 이전하면 종전 소재지 또는 새 소재지에서, 분사무소를 이전하면 주사무소 소재지에서 각각 3주일 내에 새 소재지와 이전 연월일을 등기한다. 설치와 이전은 기산 사유도 등기하는 곳도 다르다.

지부·지회를 분사무소로 등기할 수 있으면서도 그 법인의 지배인·대리인은 근거 규정이 없어 등기하지 못한 예가 있다(상업등기선례 제2-150호, 당시 대한민국특수임무수행자회·현재 특수임무유공자 예우 및 단체설립에 관한 법률 제54조의 대한민국특수임무유공자회).

세무법인도 같은 구조다. 「세무사법」이 상법 중 유한회사에 관한 규정을 준용하고 상법이 유한회사의 지점을 등기사항으로 정하므로 분사무소는 등기사항이지만, 지배인은 등기사항이 아니다(상업등기선례 제202212-2호, 상법 제549조).

실무 체크포인트

  • 등기 여부를 판단할 때 정관을 먼저 보지 않는다. 그 법인을 만든 특별법령에 그 사항을 등기하라는 조문이 있는지부터 확인한다(민법법인 및 특수법인 등기규칙 제5조 제1항).
  • 특별법이 「민법 중 사단법인(또는 재단법인)에 관한 규정을 준용한다」고만 정한 경우, 준용의 종착지인 민법에 그 등기사항이 있는지까지 따라간다(상업등기선례 제202203-2호).
  • 대표자 직무집행정지 가처분결정을 받았더라도 특별법령에 등기사항 규정이 없으면 등기촉탁이 수리되지 않는다. 결정 전에 등기 가능 여부를 확인한다(상업등기선례 제1-436호).
  • 간부직원·지점장을 등기하려는 경우 지배인이 아니라 대리인으로 신청할 수 있는지 본다. 근거는 특별법령과 민법법인 및 특수법인 등기규칙 제5조 제2항이다.
  • 등기신청수수료는 상업등기 규정을 준용한다(등기신청수수료).

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최종 수정 2026년 9월 5일 · 이 글은 일반적인 정보 제공을 위한 것이고 개별 사안의 법률 자문이 아닙니다. 최종 수정일 기준으로 작성됐으며 이후 법령 개정이나 판례 변경으로 현행과 달라질 수 있고, 법령·판례의 문언은 정본이 우선합니다. 내용만을 근거로 한 판단으로 생긴 손해에 책임을 지지 않습니다. 면책 고지
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신우법무사

신우법무사

법무사 김정걸은 1994년 제2회 법무사시험에 합격해 32년간 법무사 업무를 해 왔습니다. 1984년 서울대학교 사회학과를 졸업했습니다. 외국인 상속등기 · 한정승인 · 상속포기, 상속관련 소송 · 비송, 회사등기, 강제집행 등을 주업무로 하고 있습니다.

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