회사합병으로 인한 소유권이전등기

회사합병으로 소멸한 회사 명의의 부동산을 존속회사나 신설회사 명의로 옮기는 소유권이전등기를 다룬다. 등기명의인표시변경이 아니라 회사합병을 원인으로 한 이전등기를 하고(등기선례 제6-235호), 존속·신설회사가 단독으로 신청한다(부동산등기법 제23조 제3항). 합병 자체의 상업등기는 합병등기에서 설명한다.

쉽게 말하면 — A회사가 B회사를 흡수합병하면 B 이름으로 등기된 공장 토지는 따로 이전등기를 하지 않아도 A가 소유권을 취득하지만, A 이름으로 등기하려면 회사합병으로 인한 소유권이전등기를 거쳐야 한다는 회답이 있습니다(등기선례 제4-374호, 1996. 1. 24. 회답). 등기를 하지 않으면 그 토지를 처분하지 못하므로(민법 제187조 단서) 팔거나 담보로 제공하기 전에 이 등기를 마칩니다.

어떤 경우에 회사합병으로 소유권이전등기를 하나

합병으로 소멸된 회사의 명의로 등기되어 있는 부동산을 합병 후 존속한 회사나 합병으로 설립된 회사의 명의로 등기하려는 경우에 관한 회답이 있다. 등기명의인표시변경등기를 할 것이 아니라 회사합병을 등기원인으로 하는 소유권이전등기절차를 거쳐야 한다는 내용이다(등기선례 제6-235호, 2000. 12. 28. 회답). 흡수합병에서 남는 회사가 존속회사, 신설합병으로 새로 생긴 회사가 신설회사, 합병으로 없어지는 회사가 소멸회사다.

존속회사·신설회사는 소멸회사의 권리의무를 승계한다(상법 제235조). 승계는 존속·신설회사가 소멸회사의 권리와 의무를 한꺼번에 이어받는 것이다(포괄승계). 상법 제235조는 합명회사 절에 있는 조문이고, 주식회사의 합병에는 상법 제530조 제2항이 준용한다. 유한회사의 합병에는 상법 제603조가 제234조·제235조를 준용하고, 합자회사에는 합자회사 장에 다른 규정이 없는 사항에 합명회사에 관한 규정을 준용한다(같은 법 제269조). 아래 4-374 회답도 승계의 근거로 상법 제235조, 제269조, 제530조 제2항, 제603조를 함께 들었다.

이 승계는 법률상 당연히 이루어져서 부동산마다 소유권이전등기를 하지 않아도 존속회사가 소유권을 취득하지만, 존속회사 명의로 등기하려면 회사합병으로 인한 소유권이전등기절차를 밟아야 한다는 회답이 있다(등기선례 제4-374호 2., 1996. 1. 24. 회답).

대상인지는 부동산 등기사항증명서 갑구의 현재 소유자가 소멸회사인지, 존속·신설회사의 법인등기에 소멸회사의 상호·본점과 합병한 뜻이 등기되어 있는지로 확인한다. 법인등기에 무엇이 기재되는지는 합병등기 「등기사항」에서 설명한다.

회사분할로 분할 전 회사의 부동산을 넘겨받는 등기는 이 글이 아니라 회사분할로 인한 소유권이전등기에서 설명한다.

이 등기를 꼭 해야 하나, 기한이 있나

합병을 원인으로 하는 소유권이전등기신청에는 부동산등기 특별조치법 제2조(신청의무)와 제11조(과태료)가 적용되지 않는다는 회답이 있다(등기선례 제6-615호, 1999. 1. 8. 회답). 그 이유로 회답은 존속·신설회사가 소멸회사의 권리의무를 승계하는 것이 계약이 아니라 상법 제235조의 규정에 의한 것이라는 점을 들었다. 주식회사의 연속 합병 사안에서도 「합병의 경우에는 부동산등기특별조치법 제2조 제1항의 규정이 적용되지 않는다」는 회답이 있다(등기선례 제5-312호 나., 1998. 12. 7. 회답).

부동산등기 특별조치법 제2조 제1항은 「부동산의 소유권이전을 내용으로 하는 계약을 체결한 자」에게 정해진 날부터 60일 이내에 소유권이전등기를 신청하도록 정한다. 계약 당사자의 신청의무와 과태료는 부동산등기 신청의무와 과태료에서 설명한다.

다만 처분하려면 등기가 필요하다. 앞의 4-374 회답은 등기 없는 취득을 민법 제187조에 비추어 설명했고, 같은 조 단서는 「등기를 하지 아니하면 이를 처분하지 못한다」고 정한다. 존속·신설회사가 그 부동산을 팔거나 담보로 제공하려면 먼저 이 등기를 한다.

취득세 신고·납부 기간은 이 신청의무와 별개로 지방세법이 정한다(아래 「취득세와 국민주택채권은 어떻게 되나」).

누가 신청하나

법인의 합병에 따른 등기는 등기권리자인 존속회사나 신설회사가 단독으로 신청한다(부동산등기법 제23조 제3항). 단독신청은 등기권리자와 등기의무자가 함께 하지 않고 한쪽이 혼자 등기를 신청하는 것이다.

등기는 법률에 다른 규정이 없는 경우에는 등기권리자와 등기의무자가 공동으로 신청하고(같은 조 제1항), 제3항이 「법인의 합병」에 따른 등기를 그 예외로 정했다.

회사분할은 분할 전 회사가 소멸하는지에 따라 신청인이 달라진다. 그 기준은 회사분할로 인한 소유권이전등기에서 설명한다.

소멸회사가 합병 전에 팔거나 산 부동산은 이 단독신청이 아니라 존속회사와 거래 상대방이 공동으로 신청한다(아래 「소멸회사가 합병 전에 팔거나 산 부동산은 어떻게 등기하나」).

등기원인과 원인일자는 어떻게 적나

등기원인은 「회사합병」이다. 소멸회사 명의 부동산은 「회사합병을 등기원인으로 하는」 소유권이전등기절차를 거쳐야 한다는 회답이 있다(등기선례 제6-235호, 2000. 12. 28. 회답).

신청정보에는 등기원인과 그 연월일을 적어야 한다(부동산등기규칙 제43조 제1항 제5호). 회사의 합병은 존속회사나 신설회사가 본점소재지에서 합병등기를 함으로써 그 효력이 생긴다(상법 제234조). 이 조도 합명회사 절의 조문이고 주식회사에는 같은 법 제530조 제2항이 준용한다.

이 등기의 원인 연월일을 무엇으로 적을지 정한 예규·선례는 없다. 위 상법 제234조에 따라 합병의 효력이 생기는 본점소재지 합병등기의 날은 존속·신설회사 법인등기사항증명서에 나타나므로, 신청정보의 원인 연월일을 그 증명서와 대조한다. 신청정보와 등기원인을 증명하는 정보가 일치하지 않으면 각하 사유다(부동산등기법 제29조 제8호). 증명서의 합병등기일과 다른 날을 적어야 할 사정이 있으면 관할 등기소에 먼저 확인한다.

신청정보에는 이 밖에 부동산의 표시, 신청인인 존속·신설회사의 명칭·사무소 소재지·부동산등기용등록번호, 대표자의 성명과 주소, 등기의 목적 등을 적는다(같은 항 제1·2·3·6호).

무엇을 준비하나

부동산등기규칙 제46조 제1항의 첨부정보를 내고, 등기원인을 증명하는 정보로는 합병 사실이 나타난 법인등기사항증명서를 낸다. 합병의 등기원인 증명 정보를 일반적으로 정한 예규는 없다. 선례가 순차 합병·상호 변경·합병 전 매도 사안에서 합병 사실(과 그 사안의 변경)이 나타난 법인등기사항증명서를 첨부하도록 회답했다(각 사안은 아래 절). 공통 첨부정보 전체는 부동산등기 필요서류 원인별 비교에 정리되어 있다.

준비할 것

같은 항 각 호 가운데 이 등기와 관계된 것은 다음과 같다.

등기원인을 증명하는 정보: 합병 사실이 나타난 존속·신설회사의 법인등기사항증명서(제1호). 순차 합병이면 각 합병이, 상호 변경이 끼면 그 변경이 나타난 것이어야 한다(아래 「상호를 바꿨거나 합병이 여러 번 있었으면 어떻게 하나」).
존속·신설회사 대표자의 자격을 증명하는 정보(제4호).
대리인이 신청하면 그 권한을 증명하는 정보(제5호).
새로 등기명의인이 되는 존속·신설회사의 사무소 소재지와 부동산등기용등록번호를 증명하는 정보(제6호 본문). 같은 호 단서는 「소유권이전등기를 신청하는 경우 … 에는 등기의무자의 주소(또는 사무소 소재지)를 증명하는 정보도 제공하여야 한다」고 정하고, 합병으로 인한 단독신청을 빼지 않는다. 등기의무자인 소멸회사의 사무소 소재지를 무엇으로 증명할지 정한 예규·선례는 없다. 존속·신설회사의 합병 변경·설립등기에는 소멸회사의 상호·본점이 함께 등기되므로(합병등기 「등기사항」), 그 법인등기사항증명서로 이 정보를 갈음할 수 있는지 관할 등기소에 확인한다.
토지대장·임야대장·건축물대장 정보나 그 밖에 부동산의 표시를 증명하는 정보(제7호).
취득세 납부와 국민주택채권 매입(일부면제 신청 포함)은 아래 「취득세와 국민주택채권은 어떻게 되나」, 등기신청수수료는 부동산등기 비용 총정리에서 설명한다.

내지 않아도 되는 것

다음 서면은 이 등기의 제출 요건 문언에 들지 않거나 생략할 수 있다.

소멸회사의 등기필정보: 등기필정보는 「공동신청 또는 승소한 등기의무자의 단독신청에 의하여 권리에 관한 등기를 신청하는 경우로 한정」해 신청정보에 넣는다(부동산등기규칙 제43조 제1항 제7호 단서). 이 등기는 등기권리자의 단독신청이어서 그 경우에 들지 않는다. 등기필정보는 공동신청 등에서 등기의무자 쪽이 신청정보로 내는 정보다.
소멸회사의 인감증명: 방문신청 때 소유권이전과 관계되는 인감증명은 「소유권의 등기명의인이 등기의무자로서 등기를 신청하는 경우 등기의무자의 인감증명」이다(부동산등기규칙 제60조 제1항 제1호). 이 등기는 등기의무자인 소멸회사가 신청하지 않는다. 원인별 인감증명 제출 범위는 인감증명 제출범위 원인별 비교에서 설명한다.
검인받은 계약서: 검인은 계약서에 부동산 소재지 시장·군수·구청장 등의 확인을 받는 것으로(검인), 「계약을 원인으로 소유권이전등기를 신청할 때」 요구된다(부동산등기 특별조치법 제3조 제1항). 합병으로 인한 승계는 계약이 아니라 상법 제235조에 의한 것이라는 회답은 앞의 6-615다.
농지취득자격증명(농업법인의 합병): 농업법인의 합병으로 농지를 취득하면 농지취득자격증명을 발급받지 않고 취득할 수 있고(농지법 제8조 제1항 단서 제2호), 이를 첨부하지 않고 신청할 수 있다(등기예규 제1635호 3.나.). 농업법인이 아닌 회사의 합병은 아래 「농지나 토지거래허가구역 토지가 있으면 추가 서류가 필요한가」에서 따로 본다.
법인등기사항증명정보(생략 가능): 첨부정보가 「상업등기법」 제15조에 따른 등기사항증명정보로서 해당 법인의 본점이나 지점 소재지와 부동산 소재지가 같으면 그 제공을 생략할 수 있다(부동산등기규칙 제46조 제5항).

유효기간

등기신청서에 첨부하는 법인등기사항증명서와 건축물대장·토지대장·임야대장 등본은 발행일부터 3개월 이내의 것이어야 한다(부동산등기규칙 제62조). 이 규정의 대상 서면 목록은 현물출자로 인한 부동산 소유권이전등기의 첨부 절에, 기준일은 인감증명 제출범위 원인별 비교에 정리되어 있다.

농지나 토지거래허가구역 토지가 있으면 추가 서류가 필요한가

농업법인의 합병을 원인으로 하는 소유권이전등기는 농지취득자격증명을 첨부하지 아니하고 신청할 수 있다(등기예규 제1635호 3.나.). 농업법인이 아닌 회사의 합병은 현행 농지법의 예외에 들어 있지 않고, 증명이 필요 없다고 한 2005년 회답은 그 조문이 2009. 5. 27. 개정되기 전의 회답이다. 토지거래허가는 계약을 체결하려는 당사자에게 요구되고, 합병으로 인한 이전등기에 허가가 필요한지 정한 조문·예규·선례는 없다.

농지

예규가 말하는 농지는 토지대장상 지목이 전·답·과수원인 토지다(등기예규 제1635호 1.). 농지취득자격증명은 농지를 취득하려는 자가 농지 소재지 관할 관청에서 받는 증명이다(농지취득자격증명).

두 원문이 다루는 범위는 다음과 같다.

현행 예규(2018. 3. 7. 일부개정)는 농지취득자격증명을 첨부할 필요가 없는 경우로 「농업법인의 합병을 원인으로 하여 소유권이전등기를 신청하는 경우」를 든다(등기예규 제1635호 3.나.).
그보다 앞선 2005년 회답은 법인이 다른 법인에 합병된 경우 소멸하는 법인이 소유하던 농지에 대하여 합병으로 인한 소유권이전등기를 신청할 수 있고, 이때 농지취득자격증명을 첨부할 필요가 없다고 했다(등기선례 제8-340호, 2005. 3. 29. 회답).

현행 농지법 제8조 제1항은 농지를 취득하려는 자에게 농지취득자격증명을 발급받도록 하고, 같은 항 단서가 발급 없이 취득할 수 있는 경우로 든 것 가운데 합병은 「농업법인의 합병으로 농지를 취득하는 경우」(제2호)뿐이다. 이 항에는 2009. 5. 27. 개정 표시가 붙어 있다. 증명을 발급받아 농지를 취득하는 자는 소유권에 관한 등기를 신청할 때 그 증명을 첨부하여야 한다(같은 조 제6항).

2005년 회답은 그 개정 전 농지법 제8조 제1항을 참조조문으로 들었다(등기선례 제8-340호). 이 회답에는 폐지 표시가 없지만, 현행 조문과 현행 예규 3.나.는 「농업법인의 합병」만 든다. 그래서 농업법인이 아닌 회사가 합병으로 농지를 넘겨받으면, 먼저 농지 소재지 시·구·읍·면의 장에게 농지취득자격증명 발급 대상인지 확인한다. 증명 없이 신청하려면 관할 등기소에 미리 확인한다.

농지의 상태에 따라 첨부할 필요가 없는 경우도 있다. 같은 예규 3.은 도시지역 안의 농지(녹지지역 안의 농지는 도시계획시설사업에 필요한 농지로 한정, 3.바.)와 농지전용협의를 완료한 농지(3.사.) 등에 대한 소유권이전등기를 첨부할 필요가 없는 경우로 든다(등기예규 제1635호).

토지거래허가구역 토지

부동산 거래신고 등에 관한 법률 제11조 제1항은 허가구역에 있는 토지의 소유권·지상권을 대가를 받고 이전하거나 설정하는 「계약」(예약 포함)을 체결하려는 당사자에게 시장·군수 또는 구청장의 허가를 받도록 정한다. 합병에 따른 소유권 승계를 이 계약으로 보는지 정한 조문은 없다. 앞의 6-615 회답은 존속·신설회사의 승계가 계약이 아니라 상법 제235조의 규정에 의한 것이라고 했다(등기선례 제6-615호). 다만 그 회답은 부동산등기 특별조치법의 신청의무에 관한 것이다. 제11조를 적용하지 않는 경우를 정한 같은 법 제14조 제2항의 위임을 받은 시행령 제11조 제3항 제11호는 「「상법」 제3편제4장제10절ㆍ제11절, 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」의 절차에 따라 법원의 허가를 받아 권리를 이전하거나 설정하는 경우」를 든다. 이 호의 「법원의 허가를 받아」가 앞의 상법 절차에도 걸리는지는 문언만으로 하나로 정해지지 않고, 합병으로 인한 이전등기를 허가 대상으로 정하거나 제외한 예규·선례도 없다. 그러므로 허가구역 토지가 있으면 허가 신청이 필요한지 관할 시장·군수·구청장에게 확인하고, 그 답을 받은 뒤 등기를 신청한다. 허가 제도 일반은 토지거래허가에서 설명한다.

상호를 바꿨거나 합병이 여러 번 있었으면 어떻게 하나

소멸회사가 상호를 바꾼 뒤 등기명의인표시를 변경하기 전에 흡수합병됐으면 명칭이 변경된 사실이 나타나는 법인등기사항증명서를 첨부해 바로 합병 이전등기를 신청할 수 있다는 회답이 있다. 합병이 순차로 이루어졌으면 그 사실이 나타나는 회사등기부 등본을 첨부해 마지막 존속회사 명의로 이전등기를 신청할 수 있다는 회답도 있다.

소멸회사가 상호를 바꾼 뒤 합병된 경우

갑 회사가 상호를 을 회사로 변경했으나 등기명의인표시를 변경하기 전에 병 회사에 흡수합병된 사안이다. 존속하는 병 회사는 갑 회사의 등기명의인표시를 을 회사로 변경할 수 없으므로, 소멸하는 회사의 명칭이 변경된 사실이 나타나는 법인등기사항증명서를 첨부하여 바로 합병을 원인으로 하는 소유권이전등기를 신청할 수 있다는 회답이 있다(등기선례 제9-243호, 2011. 7. 14. 회답). 합병 없이 상호만 바뀐 경우의 등기명의인표시변경등기 일반은 등기명의인 표시변경등기에서 설명한다.

합병이 연속으로 이루어진 경우

갑을 소멸회사·을을 존속회사로 하는 흡수합병 뒤 다시 을을 소멸회사·병을 존속회사로 하는 흡수합병이 이루어진 주식회사 사안이다. 병은 갑과 을 및 을과 병 사이의 흡수합병이 순차 이루어진 사실이 나타나는 회사등기부 등본을 첨부하여 갑 명의 부동산에 관하여 합병을 원인으로 하는 병 명의의 소유권이전등기를 신청할 수 있을 것이라는 회답이 있다(등기선례 제5-312호 가., 1998. 12. 7. 회답).

소멸회사가 합병 전에 팔거나 산 부동산은 어떻게 등기하나

소멸회사가 합병 전에 판 부동산은 존속회사가 매수인과 공동으로 소멸회사 명의에서 바로 매수인 명의로 이전등기를 신청할 수 있다(등기예규 제422호 1.·2.). 합병 전에 산 부동산은 존속회사가 매도인과 공동으로 바로 존속회사 명의로 이전등기를 신청할 수 있다는 회답이 있다(등기선례 제4-374호 1., 1996. 1. 24. 회답). 어느 쪽이든 존속회사의 단독신청이 아니다.

소멸회사가 합병 전에 판 부동산

1982년 제정된 현행 예규(등기예규 제422호)는 합병으로 소멸한 회사가 합병 전에 매도한 부동산에 관한 매수인 명의의 소유권이전등기를 다음과 같이 정한다.

합병 후 존속하는 회사 명의의 소유권이전등기를 경유하지 않고, 소멸한 회사 명의로부터 직접 매수인 명의로 신청할 수 있다(등기예규 제422호 1.).
이 경우 등기신청은 합병 후 존속하는 회사와 매수인이 공동으로 하여야 하고, 등기원인을 증명하는 서면이 반드시 확정일부 있는 서면일 필요는 없다(같은 예규 2.).

갑 회사가 부동산을 매도하고 소유권이전등기를 마치기 전에 을 회사에 합병되어 소멸한 사안이다. 회답은 존속하는 을 회사가 매수인과 공동으로 갑 회사와 매수인 명의로 작성된 매매계약서를 등기원인을 증명하는 정보로 제공하여 소멸한 갑 회사로부터 매수인 앞으로 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 신청할 수 있다고 했다. 이때 합병이 있었다는 사실을 증명하는 법인등기사항에 관한 정보를 첨부정보로 제공하여야 한다고 했다(등기선례 제9-244호, 2018. 12. 12. 회답).

이 신청은 등기원인이 발생한 뒤 등기의무자에게 포괄승계가 있는 경우 포괄승계인이 그 등기를 신청할 수 있다는 부동산등기법 제27조에 따른 것이다. 신청정보의 등기의무자 표시가 등기기록과 일치하지 않으면 각하 사유이지만, 제27조에 따라 포괄승계인이 등기신청을 하는 경우는 제외한다(같은 법 제29조 제7호 가목).

소멸회사가 합병 전에 산 부동산

합병으로 소멸한 을 회사가 합병 전에 매수한 부동산에 관하여는 합병 후 존속하는 갑 회사와 매도인의 공동신청으로 직접 갑 회사 명의로의 소유권이전등기를 신청할 수 있다는 회답이 있다(등기선례 제4-374호 1., 1996. 1. 24. 회답).

합병 전 매매의 검인·인감증명과 신설합병

소멸회사가 판 부동산은 매매를 원인으로 한 이전등기라고 회답했고(등기선례 제9-244호), 합병 전에 산 부동산의 이전등기도 소멸회사가 맺은 매매계약에 따른 것이다. 4-374 1.은 그 등기원인을 따로 적지 않았다. 계약을 원인으로 소유권이전등기를 신청할 때에는 검인을 받은 계약서를 관할등기소에 제출하여야 한다(부동산등기 특별조치법 제3조 제1항). 예규 422 2.가 정한 것은 등기원인을 증명하는 서면이 반드시 확정일부 있는 서면일 필요는 없다는 것이고, 검인을 면제하는 문언은 없다. 9-244 회답도 매매계약서와 합병 사실을 증명하는 법인등기사항 정보를 내라고 했을 뿐 검인을 빼지 않았다. 앞의 「내지 않아도 되는 것」에서 검인·인감증명을 뺀 것은 회사합병을 원인으로 한 단독신청에 관한 것이다.

인감증명은 소유권의 등기명의인이 등기의무자로서 등기를 신청하는 경우 등기의무자의 것을 낸다(부동산등기규칙 제60조 제1항 제1호). 소멸회사가 합병 전에 판 부동산은 등기명의인이 소멸회사이고 신청은 포괄승계인인 존속회사가 매수인과 함께 하는데, 이때 누구의 인감증명을 낼지 정한 예규·선례는 없다. 가까운 회답으로, 갑 회사를 흡수합병한 을 회사가 다시 일부 분할을 하여 병 회사를 설립한 사안이 있다. 갑 회사 명의 부동산을 병 회사와 을 회사가 공동으로 이전등기할 때 등기의무자 을 회사의 인감증명서(소유권이전등기의 경우)를 내고 등기필정보는 제출할 필요가 없다고 했다(부동산등기선례 제202102-1호, 2021. 2. 10. 회답). 소멸회사가 판 부동산에서 존속회사의 인감증명을 내면 되는지는 이 회답이 직접 다루지 않으므로 관할 등기소에 확인한다. 매매 일반의 검인·인감증명·신청기한은 매매로 인한 소유권이전등기에서 설명한다.

예규 422는 1.에서 포괄승계의 주체를 「합병 후 존속한 회사 또는 합병으로 인하여 설립된 회사」로 적으면서, 2.의 공동신청인은 「합병 후 존속하는 회사」로 적는다. 신설합병의 신설회사가 공동신청인이 되는지는 예규가 따로 적지 않는다. 등기원인이 생긴 뒤 등기의무자에게 포괄승계가 있으면 포괄승계인이 그 등기를 신청할 수 있다는 부동산등기법 제27조도 존속회사와 신설회사를 나누어 정하지 않는다. 신설합병이면 신설회사가 공동신청인이 되는지 관할 등기소에 확인한다.

취득세와 국민주택채권은 어떻게 되나

법인이 합병에 따라 부동산을 취득하면 취득세는 지방세법 제11조 제1항 제7호의 세율(농지 1천분의 30, 농지 외의 것 1천분의 40)을 적용한다(지방세법 제11조 제5항). 「법인세법」 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득은 세율 특례 대상이다(같은 법 제15조 제1항 제3호). 「상법」에 따라 합병 후 존속되거나 합병으로 신설되는 회사가 소멸한 회사로부터 승계한 부동산의 등기는 국민주택채권의 매입이 일부 면제되는 범위에 들어 있다(주택도시기금법 시행규칙 별표 1 국민주택채권 매입 일부 면제 범위 제5호).

취득세

법인이 합병 또는 분할에 따라 부동산을 취득하는 경우에는 제11조 제1항 제7호의 세율을 적용한다(지방세법 제11조 제5항, 2023. 3. 14. 신설). 제7호는 그 밖의 원인으로 인한 취득의 세율로, 농지는 1천분의 30, 농지 외의 것은 1천분의 40이다(같은 조 제1항 제7호). 과세표준인 취득당시가액은 법인의 합병을 원인으로 취득하는 경우 시가인정액으로 하고, 시가인정액을 산정하기 어려우면 시가표준액으로 한다(같은 법 제10조의5 제3항 제2호, 지방세법 시행령 제18조의4 제1항 제2호).

특례가 적용되는 합병이면 지방세법 제15조 제1항 본문에 따라 제11조의 세율에서 중과기준세율(1천분의 20, 지방세법 제6조 제19호)을 뺀 세율로 산출한다. 같은 항 본문이 따로 정한 「제11조제1항제8호에 따른 주택」의 100분의 50 계산은 유상거래를 원인으로 주택을 취득하는 경우(제11조 제1항 제8호)의 세율에 관한 것이고, 합병 취득의 세율은 위 제5항이 제7호로 정한다. 취득물건이 대도시 중과(지방세법 제13조 제2항) 대상이면 특례 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다(제15조 제1항 단서).

지방세법 제15조 제1항 제3호 단서는 다음 중 하나에 해당하면 합병 특례를 적용하지 않는다고 정한다.

법인의 합병으로 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우
합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외, 지방세법 제15조)

그 합병이 「법인세법」 제44조제2항·제3항에 해당하는지는 세무 판단이다. 중소기업 간 합병 등에 대한 감면 규정은 모자회사 흡수합병(무증자)의 등기와 세금 「실무 체크포인트」에서 설명한다.

대도시 중과(지방세법 제13조 제2항 제1호)를 적용할 때, 대도시에서 설립 후 5년이 경과한 법인(기존법인)이 다른 기존법인과 합병하면 중과세 대상으로 보지 않는다. 기존법인이 대도시에서 설립 후 5년이 경과하지 않은 법인과 합병하여 기존법인 외의 법인이 존속하거나 새 법인을 신설하면, 합병 당시 기존법인에 대한 자산비율에 해당하는 부분을 중과세 대상으로 보지 않는다(지방세법 시행령 제27조 제5항). 대도시 중과의 대상 일반은 취득세 원인별 총정리 「주택 밖의 중과는 무엇이 있는가」에서 설명한다.

법인이 주택을 유상거래로 취득하면 중과가 있다(지방세법 제13조의2 제1항 제1호). 지방세법 시행령 제28조의2 제13호의3은 그 중과 대상에서 「법 제15조제1항제3호에 따른 세율의 특례가 적용되는 법인의 합병으로 취득하는 주택」을 뺀다. 특례가 적용되지 않는 합병으로 취득하는 주택에 이 중과가 적용되는지는, 제11조 제5항이 합병 취득에 제7호 세율을 적용하도록 할 뿐 합병을 유상거래로 볼지는 정하지 않으므로 조문만으로 정해지지 않는다. 그런 주택이 있으면 부동산 소재지 시·군·구 세무 부서에 확인한다.

취득세는 취득한 날부터 60일 이내에 신고·납부하는 것이 원칙이다. 무상취득(상속 제외)과 부담부 증여는 취득일이 속하는 달의 말일부터 3개월, 상속은 상속개시일이 속하는 달의 말일부터 6개월(외국에 주소를 둔 상속인이 있으면 9개월)이다(지방세법 제20조 제1항). 제20조 제1항은 합병 취득이 이 가운데 어느 기간에 드는지 따로 적지 않고, 취득의 시기를 정한 지방세법 시행령 제20조에도 합병을 정한 항이 없다. 그래서 합병 취득의 기간과 그 기산일은 부동산 소재지 시·군·구 세무 부서에 확인한다. 다만 그 기한 안에 이 등기를 신청하려면 등기 신청서를 등기소에 접수하는 날까지 취득세를 신고·납부하여야 한다(같은 조 제4항). 내지 않으면 신청이 각하된다(부동산등기법 제29조 제10호).

국민주택채권

별표 1 제5호 가목이 정하는 내용은 다음과 같다.

대상자: 「상법」에 따라 합병·분할합병으로 설립되는 법인 또는 합병 후 존속되는 법인의 합병에 따른 등기를 신청하는 자
대상자의 범위: 합병으로 신설되는 경우에는 설립등기를 한 회사, 합병 후 존속되는 경우에는 변경등기를 한 회사
면제항목: 소멸한 회사로부터 승계한 부동산 및 부동산에 관한 권리의 등기
면제자임을 확인하는 서류: 설립 또는 변경의 내용이 기재된 법인 등기사항증명서, 등기대상 부동산이 합병으로 소멸한 회사의 재산임을 증명하는 등기사항증명서

별표 1의 표제는 「국민주택채권의 매입이 일부 면제되는 범위」다. 금융기관 상호 간의 합병으로 인한 부동산 등기는 같은 별표 제2호 나)가 따로 정한다.

채권매입을 일부 면제받으려는 자는 국민주택채권매입 일부면제 신청서(별지 제4호서식)에 면제대상임을 증명하는 서류를 첨부하여, 등기를 하는 경우에는 해당 국가기관 또는 지방자치단체에 제출하여야 한다(주택도시기금법 시행규칙 제6조 제2항 제1호). 매입 금액 산정은 국민주택채권 매입 의무에서 설명한다.

등기가 받아들여지지 않으면 어떻게 하나

등기관은 부동산등기법 제29조 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 이유를 적은 결정으로 신청을 각하하여야 한다. 다만 신청의 잘못된 부분이 보정될 수 있는 경우로서 신청인이 등기관이 보정을 명한 날의 다음 날까지 그 잘못된 부분을 보정하였을 때에는 각하하지 않는다(같은 조 본문·단서).

각 호 가운데 이 등기와 관계된 것은 다음과 같다.

신청할 권한이 없는 자가 신청한 경우(제3호)
신청정보와 등기원인을 증명하는 정보가 일치하지 아니한 경우(제8호): 신청정보의 원인 연월일·상호를 법인등기사항증명서와 대조한다.
등기에 필요한 첨부정보를 제공하지 아니한 경우(제9호)
취득세 등을 내지 아니하거나 등기신청과 관련하여 다른 법률에 따라 부과된 의무를 이행하지 아니한 경우(제10호)
신청정보 또는 등기기록의 부동산의 표시가 토지대장·임야대장 또는 건축물대장과 일치하지 아니한 경우(제11호)

등기관의 처분에 불복하는 절차는 등기관 처분에 대한 이의신청에서 설명한다. 합병 자체의 하자를 다투는 소송은 합병무효의 소에서 설명한다.

실무 체크포인트

부동산 갑구의 현재 소유자가 소멸회사이고 존속·신설회사 법인등기에 합병한 뜻이 있으면, 등기명의인표시변경이 아니라 회사합병을 등기원인으로 하는 소유권이전등기를 신청한다(등기선례 제6-235호).
특별조치법의 60일 신청의무·과태료는 이 등기에 적용되지 않는다는 회답이 있지만(등기선례 제6-615호), 등기하지 않으면 처분하지 못하므로(민법 제187조 단서) 매각·담보 제공 전에 등기를 마친다.
신청인은 존속·신설회사 단독이다(부동산등기법 제23조 제3항). 소멸회사가 합병 전에 판 부동산은 존속회사와 매수인이 공동으로 신청한다(등기예규 제422호 2.).
순차 합병이면 각 합병이, 상호를 바꾼 뒤 합병됐으면 그 변경이 나타난 법인등기사항증명서를 준비한다(등기선례 제5-312호 가., 등기선례 제9-243호).
농지가 있으면 농업법인 합병인지 본다. 농업법인의 합병은 농지취득자격증명 없이 취득하고 첨부 없이 신청한다(농지법 제8조 제1항 단서 제2호, 등기예규 제1635호 3.나.). 농업법인이 아닌 회사의 합병은 현행 조문의 예외에 없고 2005년 회답(등기선례 제8-340호)은 개정 전 조문에 따른 것이므로, 농지 소재지 시·구·읍·면의 장과 관할 등기소에 확인한다.
합병 취득의 취득세 표준세율은 농지 1천분의 30, 농지 외 1천분의 40이다(지방세법 제11조 제5항·제1항 제7호). 특례는 「법인세법」 제44조제2항·제3항 해당 여부를 확인하고, 합병 후 제16조 과세물건이 되거나 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호 사유가 생기면(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외) 적용되지 않는다(같은 법 제15조 제1항 제3호 단서).
이 등기를 신고·납부기한 안에 신청하려면 신청서 접수일까지 취득세를 신고·납부한다(지방세법 제20조 제4항).
국민주택채권 매입을 일부 면제받으려면 일부면제 신청서에 법인 등기사항증명서와 소멸회사 재산임을 증명하는 등기사항증명서를 붙여 낸다(주택도시기금법 시행규칙 제6조 제2항, 주택도시기금법 시행규칙 별표 1 국민주택채권 매입 일부 면제 범위 제5호).