협동조합 변경등기 - 신우법무사

협동조합 기본법에 따라 설립된 협동조합은 설립등기사항이 변경되면 주된 사무소의 소재지에서 21일 이내에 변경등기를 하여야 한다(협동조합 기본법 제64조 제1항). 출자 총좌수와 납입한 출자금의 총액은 회계연도 말을 기준으로 그 회계연도가 끝난 후 3개월 이내에 등기한다(같은 조 제2항). 정관 변경은 시·도지사에게 신고하여야 효력이 생긴다(같은 법 제16조 제3항).

쉽게 말하면 — 갑 협동조합이 총회에서 새 이사장을 뽑은 경우입니다. 임원의 성명·주민등록번호와 이사장의 주소는 등기사항입니다(협동조합 기본법 제61조 제2항 제4호). 그래서 이사장이 신청인이 되어 주된 사무소의 소재지에서 21일 이내에 변경등기를 해야 합니다(같은 법 제64조 제1항·제3항). 임원이 바뀐 것은 시·도지사에게 하는 변경신고 사항이기도 하므로 변경신고서도 따로 냅니다(협동조합 기본법 시행령 제7조 제2항 제3호·제3항). 이 등기나 신고를 게을리하면 임직원에게 100만원 이하의 과태료를 부과합니다(협동조합 기본법 제119조 제3항 제1호).

어떤 사항이 바뀌면 협동조합 변경등기를 하나

협동조합은 설립등기신청서에 적는 사항이 변경되면 변경등기를 하여야 한다(협동조합 기본법 제64조 제1항).

등기사항

설립등기신청서에 적는 사항은 다음 각 호다(협동조합 기본법 제61조 제2항 각 호). 설립등기 자체는 협동조합 설립신고와 설립등기에서 설명한다.

목적, 명칭 및 주된 사무소의 소재지다(협동조합 기본법 제61조 제2항 제1호). 정관 기재사항(같은 법 제16조 제1항 제1호·제2호)과 같은 항목이다.
출자 총좌수와 납입한 출자금의 총액이다(협동조합 기본법 제61조 제2항 제2호).
설립신고 연월일이다(협동조합 기본법 제61조 제2항 제3호).
임원의 성명·주민등록번호 및 주소다. 임원이 법인인 경우에는 법인의 명칭, 법인등록번호 및 주소를 적는다. 다만 이사장이 아닌 임원의 주소는 등기사항에서 제외된다(협동조합 기본법 제61조 제2항 제4호).

주된 사무소를 옮긴 경우의 등기 기간과 장소는 협동조합 기본법 제63조 제1항이 따로 정한다. 그 내용은 아래 「주된 사무소나 지사무소를 옮기면 어디서 등기하나」에 적었다.

합병 후 존속하는 협동조합의 변경등기는 21일이 아니라 합병신고를 수리한 날(신고를 수리한 것으로 보는 경우를 포함한다)부터 14일 이내에 한다(협동조합 기본법 제65조 제1항). 장소는 주된 사무소의 소재지다(같은 항). 해산등기는 협동조합 해산·청산등기에서 설명한다.

변경신고와 변경등기

변경신고는 협동조합이 신고한 사항 중 대통령령으로 정하는 사항이 바뀌었을 때 시·도지사에게 하는 신고이고(협동조합 기본법 제15조 제1항 후단), 변경등기는 등기사항이 바뀌었을 때 등기소에 하는 등기다. 둘은 근거 조문과 기한이 따로 정해져 있어서, 같은 사항이 바뀌어도 아래 표처럼 둘 다 하거나 하나만 한다. 지사무소는 주된 사무소 외에 협동조합이 따로 둔 사무소를 말한다.

바뀐 사항	시·도지사 변경신고	변경등기 기한	근거
정관	한다	바뀐 사항이 등기사항이면 21일 이내	협동조합 기본법 시행령 제7조 제2항 제1호, 협동조합 기본법 제64조 제1항
주된 사무소의 소재지	한다	이전하면 종전 소재지 또는 새 소재지에서 21일 이내	협동조합 기본법 시행령 제7조 제2항 제2호, 협동조합 기본법 제63조 제1항
임원	한다	21일 이내	협동조합 기본법 시행령 제7조 제2항 제3호, 협동조합 기본법 제61조 제2항 제4호, 협동조합 기본법 제64조 제1항
이사장의 주소	한다	21일 이내	협동조합 기본법 시행령 제7조 제2항 제4호, 협동조합 기본법 제61조 제2항 제4호, 협동조합 기본법 제64조 제1항
출자 총좌수와 납입한 출자금의 총액	출자금 납입총액은 회계연도 말을 기준으로 그 회계연도가 끝난 후 3개월 이내	회계연도 말을 기준으로 그 회계연도가 끝난 후 3개월 이내	협동조합 기본법 시행령 제7조 제2항 제5호·제3항 단서, 협동조합 기본법 제64조 제2항
조합원 수	회계연도 말을 기준으로 그 회계연도가 끝난 후 3개월 이내	–	협동조합 기본법 시행령 제7조 제2항 제6호·제3항 단서
지사무소 설치	–	주된 사무소의 소재지에서 21일 이내	협동조합 기본법 제62조
지사무소 이전	–	주된 사무소의 소재지에서 21일 이내	협동조합 기본법 제63조 제2항

표의 -는 이 표의 근거 조문에 따로 정하지 않은 칸이다. 변경등기의 장소를 따로 적지 않은 칸은 주된 사무소의 소재지다(협동조합 기본법 제64조 제1항).

누가 언제까지 어디서 변경등기를 하나

등기사항이 변경되면 이사장이 신청인이 되어 주된 사무소의 소재지에서 21일 이내에 변경등기를 하여야 한다(협동조합 기본법 제64조 제1항·제3항). 이것이 일반 기한이고, 출자 총좌수와 납입한 출자금의 총액은 회계연도가 끝난 후 3개월 이내에 등기하며(같은 조 제2항), 사무소 이전과 합병은 위 표와 해당 절의 기한을 따른다. 목적·명칭·주된 사무소의 소재지처럼 정관에 적힌 사항은 정관 변경 신고로 효력이 생기므로(같은 법 제16조 제3항), 아래 「정관을 바꾸면 신고와 등기를 모두 해야 하나」를 함께 본다.

등기 장소는 2025년 1월 31일부터 주된 사무소의 소재지 한 곳이다(협동조합 기본법 제64조 제1항). 종전 문언은 「주된 사무소 및 해당 지사무소의 소재지에서 각각 21일 이내에」였다. 「법인의 등기사항 등에 관한 특례법」(법률 제20434호, 2024. 9. 20.) 부칙 제4조 제17항이 이를 「주된 사무소의 소재지에서 21일 이내에」로 바꾸었고, 그 법은 2025년 1월 31일부터 시행한다(같은 법 부칙 제1조).

정관을 바꾸면 신고와 등기를 모두 해야 하나

협동조합의 정관 변경은 설립신고를 한 시·도지사에게 신고를 하여야 그 효력이 발생한다(협동조합 기본법 제16조 제3항). 정관에서 바뀐 사항이 같은 법 제61조 제2항 각 호의 사항이면 변경등기도 하여야 한다(같은 법 제64조 제1항).

정관의 변경은 총회의 의결을 받아야 한다(협동조합 기본법 제29조 제1항 제1호). 그 의결은 총조합원 과반수의 출석과 출석자 3분의 2 이상의 찬성으로 한다(같은 조 제2항). 민법에 따른 비영리법인은 정관 변경에 주무관청의 허가를 받아야 효력이 생긴다(민법 제42조 제2항, 비영리법인 정관변경 허가와 변경등기).

목적, 명칭 및 주된 사무소의 소재지는 정관에 포함되어야 하는 사항이면서 등기사항이다(협동조합 기본법 제16조 제1항 제1호·제2호, 같은 법 제61조 제2항 제1호). 주된 사무소를 옮겼으면 그 등기는 이전등기다(같은 법 제63조 제1항).

정관은 협동조합 기본법 제15조 제1항 후단에 따라 시·도지사에게 변경신고를 하여야 하는 사항이다(협동조합 기본법 시행령 제7조 제2항 제1호). 변경신고를 받은 시·도지사 등이 하는 일은 다음과 같다.

시·도지사는 변경신고를 받은 날부터 20일 이내에 변경신고수리 여부를 신고인에게 통지하여야 한다(협동조합 기본법 제15조 제2항).
그 기간 내에 수리 여부나 민원 처리 관련 법령에 따른 처리기간의 연장을 통지하지 아니하면, 그 기간이 끝난 날의 다음 날에 변경신고수리를 한 것으로 본다(협동조합 기본법 제15조 제3항). 처리기간이 연장 또는 재연장된 경우에는 해당 처리기간이 끝난 날의 다음 날이다(같은 항).
시·도지사는 변경신고를 수리한 경우(수리한 것으로 보는 경우를 포함한다)에는 신고확인증을 발급하여야 한다(협동조합 기본법 제15조의2 제1항).
변경신고한 사항이 등기사항(협동조합 기본법 제61조 제2항 각 호)에 해당하면, 기획예산처장관 또는 시·도지사는 행정정보의 공동이용을 통하여 법인 등기사항증명서를 확인하여야 한다(협동조합 기본법 시행규칙 제6조 제5항).

시·도지사에게 하는 변경신고는 무엇을 언제 하나

협동조합은 신고한 사항 중 대통령령으로 정하는 사항을 변경하면 시·도지사에게 변경신고를 하여야 한다(협동조합 기본법 제15조 제1항 후단). 그 사항은 다음 각 호이고, 어느 하나가 바뀌면 변경신고서에 서류를 첨부하여 낸다(협동조합 기본법 시행령 제7조 제2항·제3항 본문).

정관(제1호)
주된 사무소의 소재지(제2호)
임원(제3호). 「법 제34조제4항에 따른 임원의 직무를 수행할 사람」이 포함된다(협동조합 기본법 시행령 제7조 제2항 제3호).
이사장의 주소(제4호)
출자금 납입총액(제5호)
조합원 수(제6호)

다만 제2항 제5호 또는 제6호의 사항, 즉 출자금 납입총액이나 조합원 수가 변경된 경우에는 회계연도 말을 기준으로 그 회계연도가 끝난 후 3개월 이내에 변경신고를 해야 한다(협동조합 기본법 시행령 제7조 제3항 단서). 이 3개월 기간은 같은 단서가 그 두 사항이 변경된 경우에 정한 기간이다.

변경신고서는 별지 제7호서식이고, 첨부서류는 다음과 같다(협동조합 기본법 시행규칙 제6조 제1항·제2항).

정관 사본(정관이 변경된 경우만 해당한다)
신고한 사항의 변경을 의결한 총회 의사록 사본(신고한 사항 중 정관, 임원 등 변경 시 총회의 의결이 필요한 경우만 해당한다)
신고한 사항을 변경한 후의 별지 제4호서식 사업계획서와 별지 제5호서식 수입·지출 예산서(정관 중 사업의 범위 및 회계에 관한 사항이 변경되어 신고하는 경우만 해당한다)
재무상태표와 출자감소의 의결, 채권자 공고 및 이의신청의 처리 등 출자감소에 관한 사실관계를 증명하는 서류(출자 1좌당 금액이 감소하여 신고한 사항을 변경하는 경우만 해당한다)
별지 제6호서식 조합원(회원) 명부(조합원 수 또는 회원 수가 변경된 경우만 해당한다)

다른 시·도지사의 관할 구역으로 주된 사무소의 소재지를 이전하면 다음 순서로 처리된다.

새로운 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시·도지사에게 변경신고를 해야 한다(협동조합 기본법 시행규칙 제6조 제3항).
그 시·도지사는 종전 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시·도지사에게 지체 없이 통보하여야 한다(협동조합 기본법 시행규칙 제6조 제4항 전단).
통보를 받은 시·도지사는 설립신고 시 제출받은 서류를 새 관할 시·도지사에게 지체 없이 보내야 한다(같은 항 후단).

변경신고 사항을 대통령령으로 정하도록 한 협동조합 기본법 제15조 제1항 후단은 2025년 12월 23일 개정되었다. 그 개정 법률(법률 제21226호)은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행하고(부칙 제1조), 신고한 사항을 그 법 시행 이후 변경하는 경우부터 적용한다(부칙 제2조).

출자 총좌수와 출자금 총액은 언제 변경등기하나

출자 총좌수와 납입한 출자금의 총액에 관한 변경등기는 21일 기간과 달리 회계연도 말을 기준으로 그 회계연도가 끝난 후 3개월 이내에 하여야 한다(협동조합 기본법 제64조 제2항). 이 등기도 이사장이 신청인이 된다(같은 조 제3항).

출자금 납입총액이 변경된 경우의 변경신고도 회계연도 말을 기준으로 그 회계연도가 끝난 후 3개월 이내에 해야 한다(협동조합 기본법 시행령 제7조 제3항 단서). 납입한 출자금의 총액이 늘어 변경등기를 하면 신청서에 출자금에 관하여 납입 또는 급부가 있었음을 증명하는 서면을 첨부하여야 한다(민법법인 및 특수법인 등기규칙 제5조 제3항). 출자감소로 인한 변경등기는 첨부서류가 더 필요하다(아래 「변경등기 신청서에는 무엇을 붙이나」).

지사무소를 설치하면 무엇을 등기하나

협동조합이 지사무소를 설치하였으면 주된 사무소의 소재지에서 21일 이내에 그 지사무소의 소재지와 설치 연월일을 등기하여야 한다(협동조합 기본법 제62조). 이 조문은 「법인의 등기사항 등에 관한 특례법」(법률 제20434호) 부칙 제4조 제17항으로 바뀌었고, 2025년 1월 31일부터 시행한다(같은 법 부칙 제1조).

제62조에는 신청인을 정한 문언이 없다. 특수법인의 등기에는 그 성질에 반하지 아니하는 한 상업등기법 제23조 제1항이 준용되고(민법법인 및 특수법인 등기규칙 제6조 제1항), 그 조항은 회사의 등기는 법률에 다른 규정이 없는 경우에는 그 대표자가 신청한다고 정한다. 협동조합을 대표하는 사람은 이사장이다(협동조합 기본법 제41조 제1항). 이 준용 문언에 따르면 지사무소 설치등기도 법률에 다른 규정이 없는 한 대표자인 이사장이 신청한다.

협동조합의 지사무소 설치에 관하여 상업등기선례 제201910-2호는 다음과 같이 보았다. 이 선례는 2019년 10월 23일 질의회답으로, 위 2025년 개정 시행 전의 것이다.

주된 사무소 소재지는 정관의 필요적 기재사항이고 지사무소의 설치는 임의적 기재사항이므로 지사무소를 설치하려면 정관에 근거를 두어야 한다고 보았다(상업등기선례 제201910-2호 1항).
정관에 지사무소의 설치에 관한 규정이 없다면 조합총회 의결로 정관을 변경하고, 그 총회 의사록과 정관변경 신고확인증을 첨부하여야 한다고 보았다(상업등기선례 제201910-2호 2항).
정관이 지사무소 설치를 협동조합 규정에 위임하거나 이사회 의결에 의하도록 정하고 있다면, 지사무소의 소재지는 정관에 기재할 필요가 없으며 정관을 변경할 필요가 없다고 보았다(상업등기선례 제201910-2호 3항).
협동조합의 규정으로 지사무소를 설치하는 경우 관련 조합규정이 없다면 이사회 의결로 조합규정을 제정 또는 변경하고, 그 이사회 의사록과 정관을 등기신청 시 첨부하여야 한다고 보았다(상업등기선례 제201910-2호 4항).
이사회 의결로 지사무소를 설치하는 경우에도 그 이사회 의사록과 정관을 등기신청 시 첨부하여야 한다고 보았다(상업등기선례 제201910-2호 4항).

주된 사무소나 지사무소를 옮기면 어디서 등기하나

협동조합이 주된 사무소를 이전하였으면 종전 소재지 또는 새 소재지에서 21일 이내에 새 소재지와 이전 연월일을 등기하여야 한다(협동조합 기본법 제63조 제1항). 지사무소를 이전하였으면 주된 사무소의 소재지에서 21일 이내에 새 소재지와 이전 연월일을 등기하여야 한다(같은 조 제2항). 두 등기 모두 이사장이 신청인이 된다(같은 조 제3항).

제1항은 2024년 9월 20일 개정되고 제2항은 그때 신설되었으며, 2025년 1월 31일부터 시행한다(협동조합 기본법 제63조, 「법인의 등기사항 등에 관한 특례법」 부칙 제1조·제4조 제17항).

주된 사무소의 소재지는 정관에 포함되어야 하는 사항이다(협동조합 기본법 제16조 제1항 제2호). 주된 사무소 이전으로 정관을 바꾸면 그 변경은 시·도지사에게 신고하여야 효력이 생긴다(같은 법 제16조 제3항). 다른 시·도로 옮기면 변경신고는 새 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시·도지사에게 한다(협동조합 기본법 시행규칙 제6조 제3항).

변경등기 신청서에는 무엇을 붙이나

이사장은 변경등기신청서에 등기 사항의 변경을 증명하는 서류를 첨부하여야 한다(협동조합 기본법 제64조 제4항). 이 밖에 협동조합 기본법이 출자감소·합병·분할에 더 요구하는 서류, 출자금 총액 증액 때의 납입 증명 서면, 준용되는 상업등기규칙의 첨부정보가 있다.

변경을 증명하려고 총회 의사록을 붙이면 그 의사록은 공증인의 인증을 받아야 한다(공증인법 제66조의2 제1항 본문). 시·도지사에게 변경신고를 할 때 낸 총회 의사록 사본으로 이 인증을 대신하지 않는다. 다만 지점의 설치·이전 또는 폐지처럼 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 의결한 경우에는 인증을 받지 않아도 되고, 정관의 변경이 필요한 경우는 그 예외에서 빠진다(공증인법 시행령 제37조의3 제2항). 인증 예외 전체와 협동조합이 비영리법인 예외에 해당하지 않는 이유는 협동조합 설립신고와 설립등기의 「창립총회의사록 인증」에서 설명한다.

협동조합 기본법의 첨부서류

출자감소, 합병 또는 분할로 인한 변경등기신청서에는 다음 서류를 모두 첨부하여야 한다(협동조합 기본법 제64조 제5항 각 호).

제4항에 따른 서류
제53조에 따라 공고하거나 최고한 사실을 증명하는 서류
제54조에 따라 이의를 신청한 채권자에게 변제나 담보를 제공한 사실을 증명하는 서류

출자금 총액 증액의 납입 증명

협동조합은 「민법」 및 「상법」 외의 법령인 협동조합 기본법에 따라 설립된 법인이므로(협동조합 기본법 제4조 제1항) 민법법인 및 특수법인 등기규칙의 특수법인에 해당한다(민법법인 및 특수법인 등기규칙 제1조). 협동조합의 자본금은 조합원이 납입한 출자금의 총액으로 하고(협동조합 기본법 제18조 제4항), 납입한 출자금의 총액은 등기사항이다(같은 법 제61조 제2항 제2호).

자본금 및 그에 준하는 것(자본금등)을 등기하여야 하는 특수법인의 자본금등의 증액으로 인한 변경등기의 신청서에는 자본금등에 관하여 납입 또는 급부가 있었음을 증명하는 서면을 첨부하여야 한다(민법법인 및 특수법인 등기규칙 제5조 제3항).

상업등기규칙의 첨부정보

협동조합 등기에는 협동조합 기본법에서 정한 사항 외에는 「비송사건절차법」 및 「상업등기법」 중 등기에 관한 규정을 준용하고(협동조합 기본법 제70조), 특수법인의 등기에는 그 성질에 반하지 아니하는 한 「상업등기규칙」 제23조부터 제71조까지 등을 준용한다(민법법인 및 특수법인 등기규칙 제6조 제1항). 이 준용과 공통 첨부정보는 협동조합 설립신고와 설립등기에서 자세히 설명한다.

준비할 것은 다음과 같고, 해당하는 경우마다 그 정보를 신청정보와 함께 등기소에 제공하여야 한다(상업등기규칙 제52조 제1항).

대리인에 의하여 등기를 신청하면 그 권한을 증명하는 정보를 낸다(제1호).
주소, 주민등록번호(주민등록번호가 없는 재외국민 또는 외국인은 외국인등록번호·국내거소신고번호 또는 생년월일)를 등기하여야 하면 이를 증명하는 정보를 낸다(제3호). 새 임원의 주민등록번호와 이사장의 주소를 등기하는 경우가 여기에 해당한다.
성명 또는 주소의 변경에 관한 등기를 신청하면 그 사실을 증명하는 정보를 낸다(제4호).

내지 않아도 되는 것은 법원행정처장이 지정하는 첨부정보다. 등기관이 행정정보 공동이용을 통하여 직접 확인하고, 신청인은 해당 첨부정보를 제공한 것으로 본다(상업등기규칙 제52조 제3항 본문). 신청인이 따로 내지 않아도 낸 것과 같이 취급한다는 뜻이다. 다만 그 첨부정보가 개인정보를 포함하고 있으면 정보주체의 동의가 있음을 증명하는 정보를 등기소에 제공하여야 한다(같은 항 단서).

유효기간이 있는 서류는 주민등록표등본·초본, 인감증명, 가족관계등록사항별증명서이고, 발행일부터 3개월 이내의 것이어야 한다(상업등기규칙 제52조 제4항).

등기신청이 각하되면 어떻게 다투나

등기관의 결정 또는 처분에 이의가 있는 자는 그 결정 또는 처분을 한 등기관이 속한 지방법원에 이의신청을 할 수 있다(협동조합 기본법 제70조가 준용하는 상업등기법 제82조). 절차는 다음 순서로 진행된다.

이의신청은 대법원규칙으로 정하는 바에 따라, 결정 또는 처분을 한 등기관이 속한 등기소에 이의신청서를 제출하거나 전산정보처리조직으로 이의신청정보를 보내는 방법으로 한다(상업등기법 제83조). 누구든지 새로운 사실이나 새로운 증거방법을 근거로 이의신청을 할 수 없다(같은 법 제84조). 이의신청에는 집행정지의 효력이 없다(같은 법 제86조).
관할 지방법원은 이의신청에 대하여 이유를 붙여 결정을 하여야 한다(상업등기법 제87조 제1항 전단). 이의신청이 이유 있다고 인정하면 등기관에게 그에 해당하는 처분을 명령하고, 그 뜻을 이의신청인과 등기를 한 자에게 통지하여야 한다(같은 항 후단).
그 결정에 대해서는 「비송사건절차법」에 따라 항고할 수 있다(상업등기법 제87조 제2항). 비송사건절차법은 재판으로 인하여 권리를 침해당한 자는 그 재판에 대하여 항고할 수 있다고 정한다(비송사건절차법 제20조 제1항).

이의신청의 방법과 효과는 상업등기 이의신청에서도 설명한다.

변경등기나 변경신고를 게을리하면 어떻게 되나

협동조합의 임직원 또는 청산인이 신고·등기를 게을리한 때에는 100만원 이하의 과태료를 부과한다(협동조합 기본법 제119조 제3항 제1호). 이 과태료는 대통령령으로 정하는 바에 따라 기획예산처장관 또는 시·도지사가 부과·징수한다(같은 조 제4항).

행정청의 과태료 부과에 불복하는 당사자는 질서위반행위규제법 제17조 제1항에 따른 과태료 부과 통지를 받은 날부터 60일 이내에 해당 행정청에 서면으로 이의제기를 할 수 있다(같은 법 제20조 제1항). 이의제기 뒤의 효과와 철회는 다음과 같다.

이의제기가 있으면 행정청의 과태료 부과처분은 그 효력을 상실한다(질서위반행위규제법 제20조 제2항).
당사자는 행정청으로부터 같은 법 제21조 제3항에 따른 통지를 받기 전까지는 서면으로 이의제기를 철회할 수 있다(질서위반행위규제법 제20조 제3항).

이의제기 뒤의 법원 재판과 그 불복은 협동조합 등기 해태 과태료와 불복에서 설명한다.

협동조합에는 협동조합 기본법에서 규정한 사항 외에는 「상법」 제1편 총칙 등을 준용한다(협동조합 기본법 제14조 제1항). 그 준용에 따라 등기할 사항은 이를 등기하지 아니하면 선의의 제3자에게 대항하지 못한다(상법 제37조 제1항). 등기한 후라도 제3자가 정당한 사유로 인하여 이를 알지 못한 때에도 같다(같은 조 제2항). 대항하지 못한다는 것은 등기하지 않은 변경 사실을 그 제3자에게 주장할 수 없다는 뜻이고, 선의의 제3자는 그 사실을 알지 못한 제3자를 말한다.

실무 체크포인트

목적·명칭, 설립신고 연월일, 임원이 바뀌었으면 이사장이 신청인이 되어 주된 사무소의 소재지에서 21일 이내에 변경등기를 신청했는지 확인한다(협동조합 기본법 제64조 제1항·제3항).
지사무소 소재지에서도 하던 변경등기는 2025년 1월 31일부터 주된 사무소의 소재지에서 한다(협동조합 기본법 제64조 제1항, 「법인의 등기사항 등에 관한 특례법」 부칙 제1조·제4조 제17항).
출자 총좌수와 납입한 출자금의 총액은 회계연도 말을 기준으로 그 회계연도가 끝난 후 3개월 이내에 변경등기한다(협동조합 기본법 제64조 제2항). 출자금 총액이 늘었으면 납입 또는 급부가 있었음을 증명하는 서면을 첨부한다(민법법인 및 특수법인 등기규칙 제5조 제3항).
출자금 납입총액·조합원 수가 바뀌었으면 회계연도 말을 기준으로 그 회계연도가 끝난 후 3개월 이내에 변경신고를 한다(협동조합 기본법 시행령 제7조 제3항 단서).
정관을 바꿨으면 설립신고를 한 시·도지사에게 신고했는지 확인한다. 신고를 하여야 정관 변경의 효력이 생긴다(협동조합 기본법 제16조 제3항). 바뀐 사항이 같은 법 제61조 제2항 각 호의 사항이면 변경등기도 한다(같은 법 제64조 제1항).
주된 사무소를 옮겼으면 종전 소재지 또는 새 소재지에서, 지사무소를 옮겼으면 주된 사무소의 소재지에서 21일 이내에 이전등기를 한다(협동조합 기본법 제63조 제1항·제2항).
다른 시·도로 주된 사무소를 옮겼으면 새 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시·도지사에게 변경신고를 한다(협동조합 기본법 시행규칙 제6조 제3항).
지사무소를 설치하면 주된 사무소의 소재지에서 21일 이내에 등기한다(협동조합 기본법 제62조). 그 전에 정관에 설치 근거가 있는지, 규정·이사회 의결에 맡겼는지 확인한다. 정관에 규정이 없으면 총회 의결로 정관을 변경하고 총회 의사록과 정관변경 신고확인증을 첨부하여야 한다고 본 선례가 있다(상업등기선례 제201910-2호 1항·2항).
합병 후 존속하는 협동조합은 합병신고를 수리한 날(수리한 것으로 보는 경우를 포함한다)부터 14일 이내에 변경등기를 한다(협동조합 기본법 제65조 제1항).
출자감소·합병·분할로 인한 변경등기에는 제53조의 공고·최고 증명 서류와 제54조의 변제·담보 제공 증명 서류를 함께 준비한다(협동조합 기본법 제64조 제5항).
개인인 새 임원을 등기하면 주민등록번호(이사장이면 주소도)를 증명하는 정보를 준비하고, 주민등록표등본·초본은 발행일부터 3개월 이내의 것인지 본다(상업등기규칙 제52조 제1항 제3호·제4항).
신고·등기 해태 과태료(100만원 이하, 협동조합 기본법 제119조 제3항 제1호)에 불복하려면 질서위반행위규제법 제17조 제1항에 따른 과태료 부과 통지를 받은 날부터 60일 이내에 해당 행정청에 서면으로 이의제기를 한다(같은 법 제20조 제1항).
등기를 미룬 사이에 변경사항을 내세워야 할 거래가 있는지 본다. 등기할 사항은 등기하지 아니하면 선의의 제3자에게 대항하지 못한다(상법 제37조 제1항, 협동조합 기본법 제14조 제1항).