벤처기업 성과조건부주식(RSU) 정관 규정·등기와 세금

벤처기업이 성과조건부주식을 주려면 법이 정한 다섯 사항을 정관에 넣는 특별결의를 거치고, 그 정관 규정을 등기해야 한다(벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의17 제2항·제7항). 임직원이 받은 주식은 근로소득이고, 회사는 넘긴 자기주식에 증권거래세를 신고하며 손금 처리는 지주회사 RSU 회신을 기준으로 따진다. 부여 대상과 절차는 성과조건부주식(RSU) 부여 요건과 절차에서 다룬다.

쉽게 말하면 — 회사는 정관에 성과조건부주식 규정을 넣고 그 내용을 등기해야 합니다(벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의17 제7항). 선지급 방식이면 임직원은 주식을 교부받는 날이 속한 해의 근로소득으로 세금을 냅니다(서면-2024-법규소득-2704(2025.5.15)). 주식매수선택권의 비과세·분할납부 특례는 쓸 수 없습니다(조세특례제한법 제16조의2 제1항, 같은 법 제16조의3 제1항). 회사는 양도가액 0원으로 넘긴 자기주식에도 증권거래세를 신고합니다(서면-2025-법규재산-0723(2026.6.15)).

정관에는 무엇을 넣고 어떤 결의로 바꾸나?

정관에 성과조건부주식 규정을 새로 넣으려면 아래 다섯 사항을 모두 담아 주주총회 특별결의로 정관을 변경해야 한다(벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의17 제2항, 상법 제434조). 정관 규정에 반드시 포함되어야 하는 사항은 다음 다섯 가지다.

일정한 경우 성과조건부주식교부계약을 체결할 수 있다는 뜻(벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의17 제2항 제1호)
계약에 의하여 교부하는 주식의 종류와 수(벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의17 제2항 제2호)
계약을 체결할 자의 자격 요건(벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의17 제2항 제3호)
계약에서 회사가 정하는 일정한 제한과 조건의 내용(벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의17 제2항 제4호)
일정한 경우 계약을 해지 또는 해제할 수 있다는 뜻(벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의17 제2항 제5호)

제5호의 해지·해제 규정은 선지급 방식에서 주식을 되찾는 근거가 된다. 선지급 계약을 이 정관 규정에 따라 해지·해제하면 회사는 이미 교부한 주식을 환수할 수 있다(벤처기업육성에 관한 특별법 시행령 제11조의12 제2항). 환수 조건을 정관에 비워 두면 계약서만으로 환수를 설명하기 어려워지므로 처음부터 사유를 적어 둔다.

정관 변경은 주주총회 결의로 하고, 의안의 요령을 소집 통지에 적어야 한다(상법 제433조). 결의는 출석한 주주의 의결권의 3분의 2 이상과 발행주식총수의 3분의 1 이상으로 한다(같은 법 제434조).

정관을 바꾼 뒤 실제 계약 체결을 승인하는 주주총회 결의에도 상법 제434조가 준용된다(벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의17 제1항 후단). 이 결의에서 정할 대상자 성명, 교부 주식, 제한·조건은 성과조건부주식(RSU) 부여 요건과 절차에서 설명한다.

정관에 넣은 성과조건부주식 규정은 등기해야 하나?

등기해야 한다. 주식회사인 벤처기업은 성과조건부주식에 관하여 정관에 규정한 사항을 등기하여야 한다(벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의17 제7항).

상법의 주식회사 설립등기 사항에는 주식매수선택권 규정만 들어 있다. 상법 제317조 제2항 제3호의3은 「주식매수선택권을 부여하도록 정한 때에는 그 규정」을 등기사항으로 둔다. 성과조건부주식은 이 목록에 없지만, 등기 의무는 벤처기업법 제7항이 따로 정한다. 상법 목록에 없다는 이유로 등기를 건너뛰면 안 된다.

언제까지 신청하고 비용은 얼마인가?

2주 안에 신청한다. 벤처기업법 제7항은 주식회사인 벤처기업에 이 등기 의무를 지우고 기한은 따로 두지 않는다. 주식회사 등기에는 상법 제183조가 준용되어 등기사항이 바뀌면 본점 소재지에서 2주일 내에 변경등기를 해야 한다(같은 법 제317조 제4항). 그러므로 정관 변경 결의일부터 2주 안에 변경등기를 신청한다.

등기는 회사 대표자가 본점 소재지를 관할하는 등기소에 신청한다(상업등기법 제23조 제1항, 같은 법 제4조 제1항). 정관의 규정이 있어야 효력이 생기는 사항이므로 정관을 첨부하고, 주주총회 결의가 필요한 등기이므로 그 의사록도 첨부한다(상업등기규칙 제128조 제1항·제2항).

비용은 등록면허세·지방교육세·신청수수료 세 가지다.

등록면허세: 법인 등기 중 「그 밖의 등기」로 건당 40,200원(지방세법 제28조 제1항 제6호 바목)
지방교육세: 등록면허세액의 100분의 20인 8,040원(지방세법 제151조 제1항 제2호)
등기신청수수료: 서면신청은 매 등기의 목적마다 7,000원(등기사항증명서 등 수수료규칙 제5조의3 제2항), 전자표준양식은 5,000원, 전자신청은 2,000원(같은 규칙 제5조의5 제6항)

대도시 법인등기 중과(3배)는 「그 밖의 등기」에 적용되지 않는다(지방세법 제28조 제4항). 지방교육세는 조례로 표준세율의 100분의 50 범위에서 가감할 수 있어 지역마다 다를 수 있다(같은 법 제151조 제2항).

주주총회 의사록은 공증을 받아야 하나?

등기신청서에 첨부하는 주주총회 의사록은 원칙적으로 공증인의 인증을 받아야 한다(공증인법 제66조의2 제1항). 자본금 총액 10억 원 미만 회사의 면제는 「상법」 제295조 제1항에 따른 발기설립에만 붙어 있다(같은 법 제66조의2 제1항 제1호). 자본금이 작다는 이유만으로 정관 변경 의사록의 인증이 면제되지는 않는다.

대통령령으로 정하는 경미한 사항을 의결한 경우에도 인증이 면제된다(공증인법 제66조의2 제1항 제3호). 다만 이 면제는 정관 변경이 필요한 경우를 제외하므로, 성과조건부주식 규정을 신설하는 정관 변경 의사록은 이 사유로 인증을 면제받지 못한다(공증인법 시행령 제37조의3 제2항).

임직원의 근로소득은 언제, 얼마로 잡히나?

받은 주식은 근로소득이고, 벤처기업 선지급이면 주식을 교부받는 날이 수입시기다(서면-2024-법규소득-2704(2025.5.15)). 외국 모회사 RSU 회신은 조건이 성취되어 주식을 부여받은 날을 수입시기로 보았다(원천세과-600(2011.9.30)). 국내 벤처기업 후지급분에 같은 기준을 쓸 수 있는지는 관할 세무서에 확인한다.

근로를 제공함으로써 받는 급여와 이와 유사한 성질의 급여는 근로소득이다(소득세법 제20조 제1항 제1호). 급여의 수입시기는 원칙적으로 근로를 제공한 날이다(소득세법 시행령 제49조 제1항 제1호). 성과조건부주식은 수입시기를 국세청 해석으로 정리해 왔다. 선지급·후지급 계약 방식의 구분은 벤처기업육성에 관한 특별법 시행령 제11조의12 제1항을 따른다.

선지급 방식: 주식을 교부받는 날

벤처기업이 양도가 제한된 자기주식을 먼저 교부하는 방식이면 근로소득 수입시기는 그 주식을 교부받는 날이다(서면-2024-법규소득-2704(2025.5.15)). 이 회신은 벤처기업법 제16조의17에 따른 계약을 시행령 제11조의12 제1항 제1호 방식으로 체결한 사안에 대한 것이다. 질의 사실관계는 성과조건 달성 시점까지 양도를 제한하고, 달성 여부에 따라 제한을 풀거나 환수하는 구조였다.

주식 가액에 관해서는 외국인투자기업 사안의 회신이 있다. 해외 관계회사로부터 일정기간 양도가 제한된 권리제한부 주식을 받은 경우, 근로소득은 주식을 부여받는 날의 시가로 한다고 보았다(서면1팀-1341(2005.11.4)). 선지급이면 수입시기가 교부일이고(서면-2024-법규소득-2704(2025.5.15)), 금전 외의 것을 받으면 그 거래 당시의 가액으로 계산한다(소득세법 제24조 제2항). 그러므로 교부일 시가를 기준으로 원천징수한다.

중도 퇴사로 주식을 반납하면

서면1팀-1341(2005.11.4)은 약정 근로제공기간 전에 퇴사해 주식을 반납하면 당초 부여 연도 근로소득에서 차감해 재정산한다고 보았다. 이 회신은 외국인투자기업 임직원이 해외 관계회사 주식을 받은 사안이다. 벤처기업이 시행령 제11조의12 제2항에 따라 주식을 환수한 경우에 같은 방식이 적용되는지는 관할 세무서에 확인한다.

국내 법인이 이사회 결의로 임원에게 권리제한부 주식을 부여한 사안의 회신도 있다. 질의 법인은 부여 연도 근로소득으로 원천징수했는데, 「3년 이상 재직 및 IPO 성공」 조건이 이루어지지 않아 주식을 회수할 계획이었다. 국세청은 약정된 근로제공기간이 지나지 않아 부여가 취소되면서 경정청구하는 경우, 주식 상당액을 차감해 수정 제출하는 근로소득 지급명세서에는 지급명세서 제출 불성실가산세가 적용되지 않는다고 보았다(서면-2025-원천-3476(2026.5.21)). 이 회신은 가산세 적용 여부만 판단했으므로, 환수에 따른 재정산 방법은 여전히 관할 세무서에 확인한다.

후지급 방식: 조건이 성취되어 주식을 받는 날

국내 자회사 임직원이 외국 모회사로부터 일정기간 경과 후 조건에 따라 주식을 받을 권리를 부여받은 사안이 있다. 이 경우 수입시기는 조건이 성취되어 주식을 부여받은 날이고, 근로소득은 그날의 주식 시가로 한다(원천세과-600(2011.9.30)). 이 회신이 참조한 조세심판원 결정은 주주권 없는 권리(RSU)와 의결권·배당권이 있는 양도제한 주식을 나누어, 앞의 것은 주식 취득 연도에 귀속한다고 보았다.

벤처기업 후지급 방식은 임직원이 성과조건을 달성하면 자기주식을 교부하는 방법이다(벤처기업육성에 관한 특별법 시행령 제11조의12 제1항 제2호). 국내 벤처기업 후지급분에 이 회신의 기준을 그대로 쓸 수 있는지는 관할 세무서에 확인한다.

회사의 원천징수와 신고·납부

근로소득을 지급하는 회사는 소득세를 원천징수해야 한다(소득세법 제127조 제1항 제4호). 원천징수한 세액은 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납부한다(같은 법 제128조 제1항). 상시고용인원 수와 업종 등을 고려해 대통령령으로 정하는 원천징수의무자는 같은 조 제2항 각 호의 세액을 제외한 원천징수세액을 반기 마지막 달의 다음 달 10일까지 납부할 수 있다(같은 조 제2항). 납부할 때 원천징수이행상황신고서를 원천징수 관할 세무서장에게 제출한다(소득세법 시행령 제185조 제1항).

비상장주식의 시가와 예시

비상장주식은 거래가격이 없는 경우가 많아 시가를 어떻게 정할지가 실무의 핵심이다. 금전 외의 것의 수입금액은 물품·이익배당 주식·신주인수권 외의 경우 재정경제부령이 정하는 시가로 계산한다(소득세법 시행령 제51조 제5항 제5호). 그 시가는 「법인세법 시행령」 제89조를 준용하여 계산한 금액이다(소득세법 시행규칙 제22조의2). 국세청도 주식매수선택권 행사차익을 계산할 때 주식의 시가평가 방법은 같은 조를 준용한다고 보았다(서면-2021-원천-7713(2023.6.26)).

준용하면 교부일 주식의 시가는 다음 순서로 정한다.

해당 거래와 유사한 상황에서 회사가 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격이나 특수관계인이 아닌 제3자 사이에 일반적으로 거래된 가격이 있으면 그 가격에 따른다(법인세법 시행령 제89조 제1항).
그런 가격이 없어 시가가 불분명하면 감정가액을 쓰지만, 주식등은 감정가액 적용에서 제외된다(같은 영 제89조 제2항 제1호).
그래서 비상장주식은 「상속세 및 증여세법」 제61조부터 제66조까지를 준용하여 평가한 가액에 따른다(같은 항 제2호). 상장주식 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다(상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목). 이렇게 비상장주식을 평가할 때 그 발행법인이 보유한 주권상장법인 주식은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 평가한다(법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호 후문).

교부일 무렵 해당 거래와 유사한 상황에서 회사가 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격이나 특수관계인이 아닌 제3자 사이에 일반적으로 거래된 가격이 있는지 먼저 확인한다. 그런 가격이 없으면 상속세 및 증여세법을 준용한 평가액으로 원천징수한다. 평가 근거 자료는 원천징수 기록과 함께 보관한다.

예를 들어 비상장 벤처기업이 선지급으로 1,000주를 교부했고, 위 순서로 평가한 교부일 1주 시가가 1만 원이라고 가정한다. 이 경우 교부일이 속한 해의 근로소득에 1,000만 원이 들어간다(서면-2024-법규소득-2704(2025.5.15), 소득세법 제20조 제1항). 계약자는 주주총회 결의일부터 2년 이상 재임·재직해야 자기주식을 취득하거나 양도할 수 있다(벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의17 제5항). 주식을 팔 수 없는 기간에 세금이 먼저 생기므로 납부 재원을 따로 마련해 둔다.

주식매수선택권의 비과세·분할납부·과세이연을 쓸 수 있나?

쓸 수 없다. 조세특례제한법의 세 특례는 모두 주식매수선택권 행사이익을 대상으로 하고, 벤처기업법 제16조의17의 성과조건부주식은 적용 대상에 들어 있지 않다. 각 조의 대상과 한도는 다음과 같다.

특례	대상 주식매수선택권	내용·한도
비과세(조세특례제한법 제16조의2)	벤처기업법 제16조의3, 상법 제340조의2·제542조의3(상법에 따른 것은 코넥스상장기업으로부터 받은 경우로 한정)	행사이익 중 연간 2억 원 이내, 벤처기업별 누적 5억 원 한도
납부특례(조세특례제한법 제16조의3)	벤처기업법 제16조의3, 상법 제340조의2·제542조의3	신청하면 원천징수하지 않고, 행사연도 귀속 종합소득세 확정신고 때 관련 세액의 5분의 4를 빼고 내며 나머지는 다음 4년의 확정신고 때 나누어 냄. 차액을 현금으로 받으면 제외
과세특례(조세특례제한법 제16조의4)	벤처기업법 제16조의3에 따른 것으로서 요건을 갖춘 적격주식매수선택권	신청하면 행사 시 과세하지 않고 주식 양도 때 양도소득세 과세. 시가 이하 발행이익은 행사 시 과세. 행사일부터 역산해 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 행사일 과세기간까지 전체 행사가액 5억 원 이하

세 조 모두 2027년 12월 31일 이전에 부여받은 주식매수선택권을 대상으로 한다(조세특례제한법 제16조의2 제1항, 같은 법 제16조의3 제1항, 같은 법 제16조의4 제1항). 성과조건부주식은 무상으로 자기주식을 교부하는 계약이어서 행사가액과 시가의 차액이라는 「행사이익」 개념도 없다(벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의17 제1항). 금전 외의 것을 받은 수입금액은 거래 당시의 가액으로 계산하므로(소득세법 제24조 제2항), 선지급이면 교부받은 주식의 가액이 교부일이 속한 해의 근로소득에 들어간다. 가액은 앞의 「비상장주식의 시가와 예시」에서 본 순서로 평가한다.

세금 납부 재원을 위해 주식 일부를 현금으로 함께 주는 설계도 있다. 한 지주회사는 임원보수 규정에 따라 RSU 총 부여 주식 중 50%를 주식가치에 연동한 현금으로 지급했다(서면-2025-법규법인-1886(2026.5.20)). 이 사례는 벤처기업법상 제도가 아니라 회사 보수규정에 따른 RSU 사안이다.

회사는 지급한 주식을 손금으로 넣을 수 있나?

지주회사 RSU 사안에서 국세청은 회사가 지급한 자기주식을 인건비로 손금에 넣을 수 있다고 보았다. 대상은 급여지급기준 한도 안에서 가득조건 충족에 따라 지급한 주식의 지급 당시 시가상당액이다(서면-2025-법규법인-1886(2026.5.20)). 그 시가상당액이 인건비의 시가를 넘으면 초과액에는 부당행위계산 부인이 적용된다.

손비 목록의 주식기준보상 규정에는 성과조건부주식이 열거되어 있지 않다. 법인세법 시행령 제19조 제19호는 금융지주회사·해외모법인으로부터 받은 주식매수선택권등의 보전 비용을 다룬다. 같은 조 제19호의2는 상법·벤처기업법 제16조의3 등에 따른 주식매수선택권, 우리사주매수선택권, 금전 지급을 다룬다.

국세청은 위 주식기준보상 유형에 해당하지 않더라도 손금불산입 사유에 해당하지 않는 이상 손금이라고 보았다(서면-2025-법규법인-1886(2026.5.20)). 회신이 정리한 사실관계와 결론은 다음과 같다.

사실관계: 지주회사가 성과조건 달성과 가득기간 도래 시 자기주식을 취득해 임원·팀장급 직원에게 지급하는 RSU 제도를 운영했다.
결론 1: 급여지급기준 한도 내에서 가득조건 충족에 따라 지급한 주식의 지급 당시 시가상당액은 법인세법 시행령 제19조 제3호의 인건비로서 손금이다.
결론 2: 한도 내 지급이라도 그 시가상당액이 인건비에 대한 법인세법 제52조 등에 따른 시가를 넘으면 초과액은 부당행위계산 부인 대상이다.

이 회신은 가득조건 충족 뒤 주식을 지급한 사안이다. 가득 전에 주식을 교부하는 벤처기업 선지급분의 손금 시기와 금액은 관할 세무서에 확인한다.

부당행위계산 부인은 특수관계인과의 거래로 법인의 조세 부담을 부당하게 줄였다고 인정될 때 그 계산을 무시하고 소득을 다시 계산하는 제도다(법인세법 제52조 제1항). 대표이사나 지배주주인 임원에게 줄 때는 보수 수준이 시가를 넘지 않는지 미리 따져 둔다.

손금 처리에 쓸 서류는 임원보수 규정 등 급여지급기준, RSU 부여계약서, 조건 성취를 확인한 내부 결재, 지급일 주식 시가 평가자료다. 회신의 결론이 「급여지급기준 한도 내」를 전제로 하므로 기준을 정관·주주총회·이사회 결의로 먼저 갖춰 둔다.

양도가액 0원으로 넘긴 자기주식에도 증권거래세가 붙나?

붙는다. RSU 부여계약에 따라 법인이 대표이사에게 자기주식을 지급하면 증권거래세 과세대상이고, 과세표준은 양도가액을 알 수 없는 경우의 평가액이다(서면-2025-법규재산-0723(2026.6.15)). 이 회신은 계약상 양수도가액을 0원으로 정한 비상장법인 사안이다.

질의 법인은 일정기간 재직을 조건으로 대표이사에게 자기주식을 지급하고, 그 시가를 대표이사 급여로 처리할 예정이었다. 회신이 든 관련 법령은 양도를 「계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 유상으로 소유권이 이전되는 것」으로 정의한다.

신고·납부는 다음 순서로 한다.

납세의무자: 예탁결제원 계좌 대체나 금융투자업자를 거치지 않고 회사가 직접 넘기면 양도자인 회사가 낸다(증권거래세법 제3조 제3호).
과세표준: 양도가액을 알 수 없는 경우의 평가 가액이다(증권거래세법 제7조 제1항 제2호 나목). 금융투자협회 지정 종목을 그 거래기준 외의 방법으로 양도하면 협회가 공표하는 양도일의 매매거래 기준가액을 쓴다(증권거래세법 시행령 제4조 제2항 제3호). 같은 항 제1호·제3호 외의 방식으로 양도하는 비상장주식은 「소득세법 시행령」 제165조로 계산한 가액에 거래수량을 곱한다(같은 항 제4호).
세율: 1만분의 35이다(증권거래세법 제8조 제1항).
기한: 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 관할 세무서장에게 신고한다(증권거래세법 제10조 제1항 제2호).
납부: 신고와 동시에 반기분 세액을 낸다(증권거래세법 제10조 제2항).
서류: 증권거래세 과세표준신고서에 거래자 인적사항을 적고 주권등 매매계약서 사본을 함께 낸다(증권거래세법 시행령 제7조 제1항 제3호·제4호).

앞의 예처럼 평가액이 1,000만 원이면 증권거래세는 3만 5,000원이다(증권거래세법 제8조 제1항). 3월에 교부했다면 상반기 말일인 6월 30일부터 2개월 이내가 신고 기한이다(같은 법 제10조 제1항 제2호). 주식이 상장되어 있으면 과세표준은 거래소가 공표하는 양도일의 매매거래 기준가액에 수량을 곱한 금액이다(증권거래세법 시행령 제4조 제2항 제1호).

임직원이 나중에 주식을 팔면 양도소득세 대상인가?

비상장법인 주식을 팔면 원칙적으로 양도소득세 대상이다(소득세법 제94조 제1항 제3호 나목). 같은 호 나목 단서는 대주주가 아닌 자가 한국금융투자협회 장외매매거래로 중소기업·중견기업 주식을 양도하는 경우를 제외한다.

회사가 상장된 뒤에 팔면 대주주가 양도하거나, 대주주가 아닌 자가 증권시장 밖에서 양도할 때 양도소득세 대상이다(소득세법 제94조 제1항 제3호 가목). 다만 주식의 포괄적 교환·이전이나 그에 대한 주식매수청구권 행사로 양도하는 주식은 장외 양도에서 제외된다(같은 목 2) 단서). 대주주가 아닌 임직원이 증권시장에서 팔면 이 목록에 들지 않는다.

과세 대상 주식을 판 임직원은 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 안에 납세지 관할 세무서장에게 예정신고한다(소득세법 제105조 제1항 제2호). 양도차익이 없거나 손실이 나도 신고해야 하고(같은 조 제3항), 신고할 때 세액을 함께 낸다(같은 법 제106조 제1항). 신고계산서에는 매도·매입 계약서 사본과 양도비 등의 명세서를 붙인다(소득세법 시행령 제169조 제1항 제2호). 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조 제1항에 따라 거래되는 주식이면 계약서 대신 금융투자업자가 발급한 매매내역서를 붙이고, 대주주이면 주식거래내역서를 더한다(같은 호 가목 단서·다목).

취득가액과 이중과세

취득가액을 교부 당시 근로소득으로 과세된 시가로 볼 수 있는지가 이중과세를 막는 핵심이다. 양도차익을 계산할 때 취득가액은 자산 취득에 든 실지거래가액이다(소득세법 제97조 제1항 제1호 가목). 그 실지거래가액은 소득세법 시행령 제89조 제1항·제3항을 준용하여 계산한 취득원가 상당액이다(소득세법 시행령 제163조 제1항 제1호). 제89조 제1항은 타인으로부터 매입하거나 자기가 제조·생산한 자산 외의 자산의 취득가액을 해당 자산의 취득 당시 시가에 부대비용을 더한 금액으로 정한다(같은 항 제3호). 성과조건부주식은 대가 없이 교부받는 주식이므로 이 규정에 따라 교부일 시가를 취득가액으로 볼 근거가 있다.

다만 주식매수선택권으로 취득한 주식은 행사 당시의 시가를 취득가액으로 한다고 명시되어 있지만(같은 영 제163조 제13항), 성과조건부주식에는 그런 명문 규정이 없다. 교부일 시가를 취득가액으로 인정받지 못하면 같은 가치에 근로소득세와 양도소득세가 겹칠 수 있다. 그러므로 매도 전에 근로소득 원천징수영수증과 교부일 시가 평가자료를 갖추고, 국세청 서면질의로 취득가액을 확인해 두는 편이 안전하다. 회사가 주식을 팔 때 무는 증권거래세와 별도로, 임직원이 팔 때도 그 양도에 대한 증권거래세 납세의무가 생길 수 있다(증권거래세법 제3조).

실무 체크포인트

정관 변경 의안에 벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의17 제2항 제1호부터 제5호까지 다섯 사항을 모두 넣었는지 본다.
정관 변경은 출석 의결권 3분의 2 이상, 발행주식총수 3분의 1 이상으로 결의한다(상법 제434조).
정관 규정은 등기해야 하고, 결의일부터 2주 안에 신청한다(벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의17 제7항, 상법 제183조).
등기 비용: 등록면허세 40,200원(지방세법 제28조 제1항 제6호 바목), 지방교육세 8,040원(같은 법 제151조 제1항 제2호)이다. 지방교육세는 조례에 따라 달라질 수 있다(같은 조 제2항). 서면신청 수수료는 7,000원이다(등기사항증명서 등 수수료규칙 제5조의3 제2항).
의사록 인증 면제(자본금 10억 원 미만)는 발기설립에만 해당하므로 정관 변경 의사록은 인증을 준비한다(공증인법 제66조의2 제1항 제1호).
선지급은 교부일을 수입시기로 근로소득 원천징수를 준비한다(서면-2024-법규소득-2704(2025.5.15)). 후지급은 외국 모회사 사안 회신(원천세과-600(2011.9.30))을 참고해 기준일을 관할 세무서에 확인한다.
손금 처리를 위해 급여지급기준을 미리 결의해 두고, 지급일 시가 평가자료를 보관한다(서면-2025-법규법인-1886(2026.5.20)).
원천징수한 근로소득세는 원칙적으로 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납부한다. 반기 납부 대상인지 확인하고 원천징수이행상황신고서를 낸다(소득세법 제128조 제1항·제2항, 소득세법 시행령 제185조 제1항).
자기주식을 교부한 반기 말일부터 2개월 이내에 증권거래세를 신고·납부한다(증권거래세법 제10조 제1항 제2호).
임직원이 과세 대상 주식을 팔면 반기 말일부터 2개월 안에 양도소득세를 예정신고한다(소득세법 제105조 제1항 제2호).