조세특례제한법 제16조의3(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례)

제16조의3(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례)
① 벤처기업 임원 등이 2027년 12월 31일 이전에 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 「상법」 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대한 소득세는 다음 각 호에 따라 납부할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2015.12.15, 2017.12.19, 2018.12.24, 2019.12.31, 2021.12.28, 2022.12.31, 2024.1.9, 2024.12.31>
1. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 벤처기업 임원 등이 원천징수의무자에게 납부특례의 적용을 신청하는 경우 「소득세법」 제127조, 제134조 및 제145조에도 불구하고 소득세를 원천징수하지 아니한다.
2. 제1호에 따라 원천징수를 하지 아니한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」 제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 벤처기업 주식매수선택권 행사이익을 포함하여 종합소득 과세표준을 신고하되, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 관련한 소득세액으로서 대통령령으로 정하는 금액의 5분의 4에 해당하는 금액(이하 이 항에서 “분할납부세액”이라 한다)은 제외하고 납부할 수 있다.
3. 제2호에 따라 소득세를 납부한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 다음 4개 연도의 「소득세법」 제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 분할납부세액의 4분의 1에 해당하는 금액을 각각 납부하여야 한다.
② 벤처기업 임원 등이 제1항에 따라 소득세를 납부하는 중 「소득세법」 제74조제4항의 사유가 발생한 경우에는 해당 규정을 준용한다.
③ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

요지

벤처기업 임직원이 주식매수선택권을 행사해 발생한 행사이익(비과세분 제외)에 대해 원천징수를 하지 않고 종합소득세 확정신고 시 5년간 분할 납부할 수 있도록 하는 특례를 정한 조문이다.

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최종 수정 2026년 10월 24일 · 이 글은 일반적인 정보 제공을 위한 것이고 개별 사안의 법률 자문이 아닙니다. 최종 수정일 기준으로 작성됐으며 이후 법령 개정이나 판례 변경으로 현행과 달라질 수 있고, 법령·판례의 문언은 정본이 우선합니다. 내용만을 근거로 한 판단으로 생긴 손해에 책임을 지지 않습니다. 면책 고지
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신우법무사

신우법무사

법무사 김정걸은 1994년 제2회 법무사시험에 합격해 32년간 법무사 업무를 해 왔습니다. 1984년 서울대학교 사회학과를 졸업했습니다. 외국인 상속등기 · 한정승인 · 상속포기, 상속관련 소송 · 비송, 회사등기, 강제집행 등을 주업무로 하고 있습니다.