과세전적부심사 후 동일 내용 재처분과 통지기한

세무조사 결과통지 뒤 과세전적부심사 청구나 결정 전에 한 과세처분은 특별한 사정이 없는 한 무효다(2026두30542 판결요지 [1]). 부과제척기간 도과로 과세권 행사가 불가능하지 않다면 당초 처분을 취소하고 하자를 보완한 같은 내용의 재처분은 원칙적으로 허용된다(2026두30542 판결요지 [1]). 과세 유보 시한은 심사 결정 자체가 이루어진 시점까지다(2026두30542 판결요지 [3]).

과세전적부심사 기회를 빼먹은 과세처분은 왜 무효가 되나?

세무조사 결과통지 뒤 과세전적부심사 청구나 결정 전에 한 과세처분은 특별한 사정이 없는 한 무효다(2026두30542 판결요지 [1]). 대법원은 사전구제절차로 도입된 과세전적부심사 제도의 경위와 취지에 비추어, 그런 처분이 납세자의 절차적 권리를 침해해 그 하자가 중대하고도 명백하다고 보았다(2026두30542 판결요지 [1]).

과세전적부심사는 세무조사 결과에 대한 서면통지나 과세예고통지를 받은 사람이 통지 내용의 적법성을 과세 전에 심사받는 절차다(국세기본법 제81조의15 제2항). 청구는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 한다(같은 법 제81조의15 제2항 본문). 다만 국세청장의 유권해석 변경이나 새로운 해석이 필요한 경우 등 시행령이 정한 사항은 국세청장에게 청구할 수 있다(같은 법 제81조의15 제2항 단서). 시행령은 그 사항으로 다음 가운데 어느 하나에 해당하는 것을 든다(국세기본법 시행령 제63조의15 제1항).

• 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 것
• 국세청장의 훈령·예규·고시 등과 관련하여 새로운 해석이 필요한 것
• 세무서 또는 지방국세청에 대한 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 하는 과세예고 통지에 관한 것
• 앞의 세 경우에 해당하지 않는 사항 중 과세전적부심사 청구금액이 5억원 이상인 것(국세기본법 시행령 제63조의15 제1항 제4호)
• 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서, 시정 요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받지 못한 것

세무조사 결과통지서에는 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 사실이 들어가야 한다(국세기본법 시행령 제63조의13 제1항 제4호). 과세관청이 이 통지 뒤 청구나 결정을 기다리지 않고 처분하면 납세자는 과세 전에 주장을 반영할 기회를 잃는다. 대법원이 이 제도를 「과세처분 전 단계에서 납세자의 주장을 반영함으로써 권리구제의 실효성을 높이기 위해 마련된 중요한 사전구제절차」라고 설명한 이유다(2026두30542 판결요지 [1]).

과세전적부심사 조항이 적용되지 않는 경우

법률은 다음 어느 하나에 해당하면 과세전적부심사 청구 조항(제2항)을 적용하지 않는다(국세기본법 제81조의15 제3항).

1. 「국세징수법」 제9조에 규정된 납부기한 전 징수 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과 사유가 있는 경우
2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액은 제외된다(국세기본법 제81조의15 제3항 제2호 단서).
3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우(국세기본법 제81조의15 제3항 제3호)
4. 「국제조세조정에 관한 법률」에 따라 조세조약을 체결한 상대국이 상호합의 절차의 개시를 요청한 경우(국세기본법 시행령 제63조의15 제3항 제1호)
5. 법 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항·제80조의2 준용 포함)와 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(국세기본법 시행령 제63조의15 제3항 제2호)

이 목록은 법령이 청구 조항의 적용 자체를 배제하는 경우다. 판결요지 [1]의 「특별한 사정」이 어떤 경우인지는 이 판결이 따로 열거하지 않았다(2026두30542 판결요지 [1]). 앞서 구 국세기본법(2018. 12. 31. 개정 전) 사건에서 대법원은 같은 법리를 「구 국세기본법 등이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한」이라고 표현했다(2025다210837 판결요지 [4]). 이 표현은 구법상 예외사유를 「등」으로 든 예시이고, 그 판결도 특별한 사정을 예외사유 목록으로 한정해 열거하지 않았다(2025다210837 판결요지 [4]).

실제 사건에서 인천지방국세청장은 오피스텔 공급이 부가가치세 면제 대상인 국민주택 공급이 아닌데 매출 부가가치세를 무신고했다고 보아 세무조사 결과를 통지했다(2026두30542 이유 1.나.1)나)). 부평세무서장은 과세전적부심사 청구의 기회를 주지 않고 2022. 5. 27. 2016년 제2기 부가가치세 1,015,717,780원을 결정했다(2026두30542 이유 1.나.1)다)). 납세자가 2022. 12. 20. 이의신청을 하자, 조사청은 2023. 3. 8. 그 하자가 중대하고 명백하다는 이유로 인용했고 당초 처분은 취소되었다(2026두30542 이유 1.나.1)라)).

취소된 과세처분과 같은 내용으로 다시 부과할 수 있나?

부과제척기간 도과로 과세권 행사가 불가능하지 않은 이상, 당초 처분을 취소한 뒤 절차 하자를 보완해 같은 내용으로 다시 처분하는 것은 원칙적으로 허용된다(2026두30542 판결요지 [1]). 과세전적부심사 기회를 누락한 하자가 있었다는 사정만으로 재처분이 일률적으로 막히지는 않는다는 판단이다(2026두30542 판결요지 [1]).

대법원이 든 이유는 두 가지다(2026두30542 판결요지 [1]).

• 과세관청은 부과제척기간 안에서 과세표준과 세액을 결정 또는 경정할 수 있고, 종전 결정 등에 오류나 누락이 발견되면 다시 경정할 수 있다.
• 절차 하자를 보완한 재처분을 일률적으로 불가능하다고 보면, 납세자의 절차적 권리를 보장하려는 본래 취지를 넘어 다른 납세자와의 형평에 맞지 않는 등 공평과세원칙과 조세정의에 반하는 결과가 생길 수 있다.

재처분이 허용되려면 당초 처분의 취소, 절차적 하자의 보완, 부과제척기간 도과로 과세권 행사가 불가능하지 않을 것이라는 사정이 함께 있어야 한다(2026두30542 판결요지 [1]). 판결은 부과제척기간 도과 여부를 재처분 허용의 조건으로 두었고, 기간의 길이와 기산, 실제 사건의 재처분이 어느 기간 안에 이루어졌는지는 판시하지 않았다(2026두30542 판결요지 [1]). 법률은 두 종류의 기간을 따로 둔다.

• 통상 부과제척기간: 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년(역외거래 7년)이고, 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 않은 경우 등은 따로 정한 기간이다(국세기본법 제26조의2 제1항·제2항). 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다(같은 법 제26조의2 제9항).
• 결정·판결 확정에 따른 처분기간: 이의신청·심사청구·심판청구·감사원 심사청구 또는 소송의 결정·판결이 확정되면 별도 처분기간이 열린다. 제26조의2 제1항부터 제5항까지에도 불구하고, 그 확정일부터 1년 안에 세무서장 또는 지방국세청장이 경정 등 필요한 처분을 할 수 있다(국세기본법 제26조의2 제6항 제1호).

이와 별개로, 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지 3개월 이하이면 과세전적부심사 청구 조항(제2항)이 적용되지 않는다(국세기본법 제81조의15 제3항 제3호). 이 조항은 재처분이 허용되는지가 아니라 재통지에 대해 과세전적부심사를 청구할 수 있는지에 관한 것이다.

실제 사건에서 조사청은 2023. 10. 16. 같은 조사결과를 다시 통지했다(2026두30542 이유 1.나.1)마)). 납세자는 2023. 11. 10. 과세전적부심사를 청구했고, 그 청구는 2023. 12. 20. 불채택으로 결정되었다(2026두30542 이유 1.나.1)마)). 부평세무서장은 2024. 1. 8. 2016년 제2기 부가가치세 1,015,717,780원(가산세 포함)을 다시 결정·고지했다(2026두30542 이유 1.나.1)바)). 과세전적부심사 결과는 이 2024. 1. 8. 처분 뒤에 납세자에게 송달되었다(2026두30542 이유 2.나).

세무조사 결과통지 기한을 넘기면 재처분은 위법한가?

법정 예외사유가 없는데 통지기한 뒤에 조사결과를 통지했다면, 이를 용인할 특별한 사정이 없는 한 그 조사에 기한 과세처분은 위법하다(2026두30542 판결요지 [2]). 다만 실제 사건처럼 당초 처분이 과세전적부심사 기회 누락으로 취소되고 재통지 뒤 납세자가 실제로 심사를 청구했다면, 대법원은 그 사정을 특별한 사정으로 볼 수 있다고 했다(2026두30542 이유 1.나.2)).

결과통지 기한과 내용

세무공무원은 세무조사를 마친 날부터 20일 이내에 조사결과를 납세자에게 설명하고 서면으로 통지하여야 한다. 제11조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 기간은 40일이다(국세기본법 제81조의12 제1항, 같은 법 제11조 제1항). 제81조의12 제1항은 통지에 「다음 각 호의 사항이 포함된 조사결과」를 요구한다. 40일이 적용되는 제11조 제1항 각 호는 공시송달 사유로, 다음 세 경우다(같은 법 제11조 제1항).

1. 주소 또는 영업소가 국외에 있고 송달하기 곤란한 경우(국세기본법 제11조 제1항 제1호)
2. 주소 또는 영업소가 분명하지 아니한 경우(국세기본법 제11조 제1항 제2호)
3. 제10조 제4항에서 규정한 자가 송달할 장소에 없는 경우로서 등기우편으로 송달하였으나 수취인 부재로 반송되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우(국세기본법 제11조 제1항 제3호)

제3호를 위임받은 국세기본법 시행령 제7조의2는 두 경우를 든다.

• 등기우편으로 송달했으나 수취인이 부재중인 것으로 확인되어 반송됨으로써 납부기한 내에 송달이 곤란하다고 인정되는 경우(국세기본법 시행령 제7조의2 제1호)
• 세무공무원이 2회 이상 납세자를 방문해 서류를 교부하려 했으나 수취인이 부재중인 것으로 확인되어 납부기한까지 송달이 곤란하다고 인정되는 경우(국세기본법 시행령 제7조의2 제2호)

두 번째 경우에는 처음 방문한 날과 마지막 방문한 날 사이가 3일 이상이어야 하고, 이 기간에 공휴일·대체공휴일·토요일·일요일은 산입하지 않는다(국세기본법 시행령 제7조의2 제2호). 아래에서 보는 시행령 제63조의13 제2항은 결과통지 자체를 하지 않아도 되는 사유이고, 20일 기한을 40일로 늘리는 이 사유와는 다르다(국세기본법 시행령 제63조의13 제2항).

통지 항목은 세무조사 내용, 결정 또는 경정할 과세표준·세액 및 산출근거, 시행령이 정하는 사항이다(같은 법 제81조의12 제1항 각 호). 시행령이 정하는 사항은 다음 모두다(국세기본법 시행령 제63조의13 제1항).

• 세무조사 대상 세목 및 과세기간
• 과세표준·세액을 결정 또는 경정하는 경우 그 사유(근거 법령 및 조항, 과세표준 및 세액 계산의 기초가 되는 구체적 사실관계 등 포함)
• 가산세의 종류, 금액 및 산출근거
• 관할세무서장이 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 수정신고가 가능하다는 사실
• 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 사실

통지하지 않아도 되는 경우와 일부 통지

통지 의무의 예외는 다음 어느 하나에 해당하는 경우다(국세기본법 제81조의12 제1항 단서, 국세기본법 시행령 제63조의13 제2항).

1. 납세관리인을 정하지 않고 국내에 주소 또는 거소를 두지 않은 경우
2. 법정 재조사 결정에 의한 조사를 마친 경우
3. 세무조사결과통지서 수령을 거부하거나 회피하는 경우

현행법은 다음 어느 하나의 사유로 기한 안에 조사결과를 통지할 수 없는 부분이 있으면, 납세자가 동의하는 경우에 한정해 그 부분을 뺀 조사결과를 설명하고 서면으로 통지할 수 있게 한다(국세기본법 제81조의12 제2항).

1. 「국제조세조정에 관한 법률」 및 조세조약에 따른 국외자료의 수집·제출 또는 상호합의절차 개시에 따라 외국 과세기관과의 협의가 진행 중인 경우(국세기본법 제81조의12 제2항 제1호)
2. 해당 세무조사와 관련하여 세법의 해석 또는 사실관계 확정을 위하여 재정경제부장관 또는 국세청장에 대한 질의 절차가 진행 중인 경우(국세기본법 제81조의12 제2항 제2호)

상호합의절차 종료, 질의에 대한 회신 등 그 사유가 해소되면 해소된 날부터 20일(같은 법 제11조 제1항 각 호에 해당하면 40일) 이내에 나머지 조사결과를 설명하고 서면으로 통지하여야 한다(같은 법 제81조의12 제3항). 판결요지 [2]가 통지의 예외사유로 명시한 것은 제1항 단서와 시행령 제63조의13 제2항 각 호다(2026두30542 판결요지 [2]).

통지기한을 지키게 하는 이유와 실제 사건의 판단

대법원은 통지기한과 예외사유를 명시한 이유를 다음처럼 설명했다(2026두30542 판결요지 [2]). 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성에 큰 영향을 주고, 기한을 지키지 않으면 과세관청이 우회적으로 조사기간을 늘리는 부작용이 생길 수 있다. 그래서 조사가 끝나면 과세관청이 신속히 결론을 내리게 하고, 납세자가 방어권을 제대로 행사하도록 절차를 보장한다는 것이다.

실제 사건의 재통지는 조사를 마친 날부터 법정 통지기한이 지난 뒤에 이루어져 그 자체로는 규정을 지킨 것으로 볼 수 없었다(2026두30542 이유 1.나.2)). 그러나 대법원은 다음 사정을 함께 고려했다(2026두30542 이유 1.나.2)).

• 당초 처분이 이의신청에서 취소된 것은 과세전적부심사 기회를 주지 않은 것이 위법하다는 취지로, 납세자의 절차적 권리를 보장하기 위한 것이었다.
• 조사청은 그 기회를 주기 위해 조사결과를 다시 통지했다.
• 납세자는 통지를 받은 뒤 자발적으로 과세전적부심사를 청구하는 등 의견을 내고 방어권을 행사할 기회를 실질적으로 보장받았다.

이 사정들에 비추어 대법원은 재처분을 또다시 취소하고 새로 과세예고통지를 하게 할 정도로 절차적 정당성을 잃었다고 평가할 수 없고, 통지기한 경과를 용인할 특별한 사정에도 해당한다고 보았다(2026두30542 이유 1.나.2)). 이 판단은 재처분 절차에서 납세자가 실제로 과세전적부심사를 청구한 사안에 관한 것이다. 원심도 과세관청이 같은 조사결과를 다시 통지한 뒤 재처분할 수밖에 없는 절차적 상황이었다는 점을 들었고, 대법원은 이를 정당하다고 보아 상고를 기각했다(2026두30542 이유 1.나.2)·3).

심사결정 뒤 과세는 결정 시점과 통지 시점 중 언제부터 가능한가?

과세 유보 의무는 과세전적부심사 결정 자체가 이루어진 시점까지이고, 결정이 청구인에게 현실적으로 통지·송달될 때까지가 아니다(2026두30542 판결요지 [3]). 따라서 결정이 있은 뒤 한 처분은 결정서가 처분 뒤에 송달되었다는 사정만으로 유보 의무 위반이 되지 않는다(2026두30542 이유 2.나).

1단계: 청구 뒤 결정이 있을 때까지 과세를 유보한다

청구를 받은 세무서장·지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다(국세기본법 시행령 제63조의15 제4항 본문). 다만 과세전적부심사 적용 제외 사유(법 제81조의15 제3항 각 호)에 해당하거나 조기결정 신청이 있는 경우에는 그렇지 않다(같은 법 제63조의15 제4항 단서).

과세전적부심사를 청구하지 않고 통지받은 내용의 전부 또는 일부에 대해 조기 결정이나 경정결정을 신청할 수도 있다(국세기본법 제81조의15 제8항). 이 신청을 받은 세무서장이나 지방국세청장은 신청받은 내용대로 즉시 결정이나 경정결정을 하여야 한다(같은 법 제81조의15 제8항 후단).

2단계: 청구를 받은 날부터 30일 이내에 결정 결과를 통지한다

법률은 청구를 받은 기관이 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고, 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다고 정한다(국세기본법 제81조의15 제4항). 이 통지 의무는 유보 시한과 별개로 남는다. 과세전적부심사에는 청구서 보정(제63조)과 제65조 제4항부터 제7항까지가 준용된다(같은 법 제81조의15 제6항). 그래서 청구를 받은 기관은 보정할 수 있다고 인정되면 20일 이내의 기간을 정해 보정을 요구할 수 있고, 보정할 사항이 경미하면 직권으로 보정할 수 있다(같은 법 제63조 제1항). 이 보정기간은 30일 결정기간에 산입하지 않는다(같은 법 제65조 제4항).

결정은 다음 가운데 하나로 한다(국세기본법 제81조의15 제5항).

재조사 결정이 있으면 준용되는 제65조 제5항 전단에 따라, 재조사 결정일부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다(국세기본법 제81조의15 제6항, 같은 법 제65조 제5항 전단). 60일은 조사만의 기한이 아니라 조사와 그 결과에 따른 조치를 함께 대상으로 한다. 과세전적부심사에서 재조사 결과에 따른 조치로 법률이 정한 것은 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장의 당초 통지 내용 수정 통지다(같은 법 제81조의15 제5항 제2호 단서). 이 경우 제81조의7·제81조의8에 따라 조사를 연기하거나 조사기간을 연장하거나 조사를 중지할 수 있다(같은 법 제65조 제5항 후단).

3단계: 결정 뒤 처분은 송달 전이라도 유보 의무 위반이 아니다

대법원은 두 근거를 들었다(2026두30542 판결요지 [3]). 법률 문언이 국세심사위원회의 심사를 거친 「결정」과 그 결과의 「통지」를 구별해 쓰고, 시행령도 그 문언에 맞추어 「결정」이 있을 때까지만 유보하도록 정했다는 것이다.

실제 사건에서 납세자는 2023. 11. 10. 과세전적부심사를 청구했고, 불채택 결정은 2023. 12. 20.에 이루어졌다(2026두30542 이유 1.나.1)마)). 재처분은 2024. 1. 8. 결정·고지되었고(2026두30542 이유 1.나.1)바)), 과세전적부심사 결과는 이 처분 뒤에 송달되었다(2026두30542 이유 2.나).

원심은 납세자가 과세처분 전에 의견을 진술할 기회를 가졌고, 과세관청이 결정일인 2023. 12. 20.까지 처분을 유보했다가 처분했으므로, 처분 뒤에 결정 결과가 송달되었다고 해서 처분이 위법하지 않다고 보았다(2026두30542 이유 2.나). 대법원은 이 판단에 시행령 해석의 잘못이 없다고 했다(2026두30542 이유 2.나).

재처분을 다툴 때 어떤 자료로 어느 기간을 계산하나?

재처분의 적법성은 조사 종료, 결과통지, 과세전적부심사 청구·결정, 처분의 날짜와 경위로 판단되므로 각 날짜를 보여 주는 자료를 갖추고 기간을 하나씩 따로 계산해야 한다(2026두30542 이유 1.나.2)·2.나). 아래 자료는 법원에 날짜와 경위를 보여 주는 것이다. 이 판결과 인용 조문은 각 사실의 증명책임을 누구에게 지우는지 정하지 않았다. 아래 전심절차와 제소기간은 국세 처분 취소소송을 기준으로 적었고, 무효확인소송은 이 절 끝에서 따로 본다. 국세 처분 취소소송은 「행정소송법」 제20조에도 불구하고 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기한다(국세기본법 제56조 제3항 본문).

제출할 자료와 각 자료가 보여 주는 사실

과세전적부심사청구서는 해당 통지를 한 세무서장·지방국세청장에게 내고, 법 제81조의15 제2항 단서에 해당하는 사항이면 국세청장에게 낸다(국세기본법 시행령 제63조의15 제5항 전단). 청구서를 제출할 때 증거서류나 증거물이 있는 경우에는 그것을 첨부하여야 한다(같은 법 제63조의15 제5항 후단). 청구서가 통지를 한 세무서장·지방국세청장 외의 세무서장·지방국세청장 또는 국세청장에게 제출된 경우에는, 해당 청구서를 소관 세무서장·지방국세청장 또는 국세청장에게 지체 없이 송부하고 그 뜻을 청구인에게 통지하여야 한다(같은 법 제63조의15 제6항). 이 조항이 정하는 것은 세무서·지방국세청·국세청 사이의 송부이고, 그 밖의 기관에 낸 경우는 정하지 않는다(같은 법 제63조의15 제6항).

기간별 성격과 기산점

기간마다 의무를 지는 주체와 기산점이 다르다. 아래 표의 각 기간은 따로 계산한다.

과세전적부심사 청구기간이 지난 뒤 청구하면 심사하지 아니한다는 결정 대상이 된다(국세기본법 제81조의15 제5항 제3호 가목). 우편 제출의 경우 같은 법 제61조 제3항이 과세전적부심사에 준용되어, 기한까지 우편으로 낸 청구서가 기간이 지나 도달해도 만료일에 적법하게 청구한 것으로 본다(같은 법 제81조의15 제6항, 같은 법 제61조 제3항). 이때 제출일은 제5조의2에서 정한 날, 곧 「우편법」에 따른 우편날짜도장이 찍힌 날이고, 우편날짜도장이 찍히지 않았거나 분명하지 않으면 통상 걸리는 배송일수를 기준으로 발송한 날로 인정되는 날이다(같은 법 제61조 제3항, 같은 법 제5조의2 제1항).

처분에 대한 사후 불복은 다음 순서로 기간을 본다.

1. 심사청구와 심판청구는 처분이 있음을 안 날(처분 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다(국세기본법 제61조 제1항, 같은 법 제68조 제1항).
2. 이의신청을 거친 뒤에는 이의신청 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 심사청구를 한다(국세기본법 제61조 제2항 본문). 심판청구에도 이 규정이 준용된다(같은 법 제68조 제2항). 다만 다음 경우에는 시작일이 다르다.
   – 이의신청 결정은 이의신청을 받은 날부터 30일 이내에 하고, 이의신청인이 송부받은 의견서에 그 결정기간 안에 항변하면 60일 이내에 한다(국세기본법 제66조 제7항). 이의신청에는 제63조와 제65조 제4항이 준용되므로, 제63조 제1항의 보정기간은 이 30일 또는 60일 결정기간에 산입하지 않는다(같은 법 제66조 제6항, 같은 법 제63조 제1항, 같은 법 제65조 제4항). 보정기간을 빼고 계산한 이 결정기간 안에 결정 통지를 받지 못했다면 결정기간이 지난 날부터 90일이다(같은 법 제61조 제2항 제1호).
   – 이의신청에 대한 재조사 결정이 있은 뒤, 제66조 제6항이 준용하는 제65조 제5항 전단의 처분기간(재조사 결정일부터 60일) 안에 처분 결과 통지를 받지 못했다면 그 처분기간이 지난 날부터 90일이다(국세기본법 제61조 제2항 제2호, 같은 법 제65조 제5항).
3. 심사청구인이 같은 법 제6조의 사유로 제1항의 기간에 심사청구를 할 수 없었다면 그 사유가 소멸한 날부터 14일 이내에 청구할 수 있고, 그 사유와 발생·소멸일을 적은 문서를 함께 내야 한다(국세기본법 제61조 제4항). 이 조항이 대상으로 든 것은 제1항의 기간이고, 제2항의 이의신청 뒤 기간은 문언에 들어 있지 않다(같은 조 제4항).
4. 국세 처분 취소소송은 「행정소송법」 제18조 제1항 본문·제2항·제3항에도 불구하고 심사청구 또는 심판청구와 그 결정을 거쳐야 한다(국세기본법 제56조 제2항 본문). 소는 「행정소송법」 제20조에도 불구하고 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 하며 이 기간은 불변기간이다(같은 조 제3항 본문·제6항). 결정기간에 결정의 통지를 받지 못하면 통지 전이라도 그 결정기간이 지난 날부터 소를 제기할 수 있다(같은 조 제3항 단서). 「감사원법」에 따라 심사청구를 한 처분(제55조 제1항 제2호)에 대해 그 심사청구를 거친 경우에는 이 법에 따른 심사청구 또는 심판청구를 거친 것으로 보고 제2항을 준용한다(같은 조 제5항).
5. 다만 심사청구 또는 심판청구에 대한 재조사 결정에 따라 처분청이 한 처분을 다투는 행정소송은 심사·심판과 그 결정을 거치지 않아도 된다(국세기본법 제56조 제2항 단서). 그 처분에는 재조사 결정을 한 재결청에 다시 심사·심판청구를 할 수도 있고(같은 법 제55조 제5항 단서), 제소기간은 「행정소송법」 제20조에도 불구하고 그 청구를 거쳤는지에 따라 정해진다(같은 법 제56조 제4항).
   – 거치지 않으면 처분 결과 통지를 받은 날부터 90일 이내다. 처분기간은 재조사 결정일부터 60일이고 조사 연기·기간 연장·중지 기간을 포함하며, 그 안에 통지를 받지 못하면 처분기간이 지난 날부터 제소할 수 있다(국세기본법 제56조 제4항 제1호, 같은 법 제65조 제5항).
   – 거치면 그 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내다. 결정기간은 청구를 받은 날부터 90일이고 보정기간은 산입하지 않으며, 그 안에 결정 통지를 받지 못하면 결정기간이 지난 날부터 제소할 수 있다(국세기본법 제56조 제4항 제2호, 같은 법 제65조 제2항·제4항). 심판청구에는 이 규정이 준용되고 보정 요구 기간은 「상당한 기간」으로 본다(같은 법 제80조의2).
   – 제6항이 불변기간으로 정한 것은 제3항의 기간뿐이고, 제4항 기간의 성질은 이 조문 문언에 나오지 않는다(국세기본법 제56조 제6항).
   – 실제 사건의 당초 처분은 이의신청 인용결정으로 취소되었고, 재처분은 조사결과 재통지와 과세전적부심사를 거쳐 이루어졌다(2026두30542 이유 1.나.1)라)·마)·바)). 위 제2항 단서·제4항이 정한, 심사청구 또는 심판청구에 대한 재조사 결정에 따라 처분청이 한 처분과는 다른 절차다.

취소소송과 무효확인소송의 기간 차이

「행정소송법」의 취소소송 제소기간은 행정심판청구가 있었는지에 따라 두 경우로 나뉜다(행정소송법 제20조 제1항·제2항). 제1항의 90일은 불변기간이다(같은 법 제20조 제3항).

• 일반 취소소송: 처분등이 있음을 안 날부터 90일 이내에 제기한다(행정소송법 제20조 제1항 본문). 처분등이 있은 날부터 1년이 지나면 제기하지 못하지만, 정당한 사유가 있으면 예외다(같은 법 제20조 제2항).
• 제1항 단서의 경우: 제18조 제1항 단서의 경우와 그 밖에 행정심판청구를 할 수 있는 경우 또는 행정청이 행정심판청구를 할 수 있다고 잘못 알린 경우에 행정심판청구가 있은 때에는, 90일을 재결서 정본을 송달받은 날부터 기산한다(행정소송법 제20조 제1항 단서). 이 경우 재결이 있은 날부터 1년이 지나면 제기하지 못하지만, 정당한 사유가 있으면 예외다(같은 법 제20조 제2항).
• 행정심판을 청구하는 방법을 고른 때에는 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 행정심판을 청구하고 재결서를 송달받은 날부터 90일 이내에 취소소송을 내야 한다(2011두18786 판결요지 [1]). 그래서 대법원은 구 행정심판법상 처분이 있음을 안 날부터 90일을 넘겨 청구한 부적법한 행정심판의 재결서를 받은 뒤 90일 안에 낸 취소소송이 제소기간을 지킨 것이 되지 않는다고 보았다(2011두18786 판결요지 [1]).
• 국세 처분 취소소송은 「행정소송법」 제20조에도 불구하고 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다(국세기본법 제56조 제3항 본문).

실제 사건은 부가가치세 부과처분 무효확인 등을 구한 소송이었다(2026두30542 사건명). 「행정소송법」이 무효등 확인소송에 준용하는 조문 목록에는 행정심판과의 관계(제18조)와 제소기간(제20조)이 들어 있지 않다(행정소송법 제38조 제1항). 대법원은 행정처분의 무효확인 청구소송에서는 이른바 소원전치주의나 제소기간의 제한 등에 관한 규정은 적용되지 않는다고 판시했다(94누6475 판결요지 [1], 이유 1). 과세처분의 무효확인 청구소송에서도 이른바 제소기간의 제한에 관한 규정은 적용되지 않는다고 판시했고, 참조조문으로 「행정소송법」 제20조와 제38조를 들었다(95누3909 판결요지 나, 참조조문). 따라서 무효확인 청구소송에는 위에서 본 전심절차나 「행정소송법」 제20조의 제소기간 제한이 적용되지 않는다(94누6475 판결요지 [1], 95누3909 판결요지 나).

2026두30542의 사실관계에서 당초 처분은 납세자의 이의신청이 인용되어 취소되었고, 조사결과 재통지와 과세전적부심사 불채택 결정 뒤 같은 세액의 재처분이 있었다(2026두30542 이유 1.나.1)라)·마)·바)). 당초 처분의 취소와 재처분은 원심이 확정한 경위이고, 대법원이 직접 심판한 쟁점은 재처분이 당초 처분의 절차적 하자를 시정·보완한 것인지와 재처분이 시행령 제63조의15 제4항의 유보 의무를 어겼는지였다(2026두30542 이유 1·2). 이 판결은 무효확인소송의 전심절차나 제소기간을 판단하지 않았다.

판결이 옮긴 결과통지 기한(20일·40일), 과세전적부심사 청구기간(30일), 결정·통지 기간(30일)과 유보 조항의 문언은 현행 조문과 같은 내용이다(2026두30542 이유 1.가, 국세기본법 제81조의15 제2항·제4항). 현행 같은 법 제81조의12 제2항의 일부 통지 제도는 이 사건에서 쟁점이 되지 않았다.

실무 체크포인트

• 세무조사결과통지서를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 과세전적부심사청구서를 낸다(국세기본법 제81조의15 제2항 본문). 유권해석 변경·새 해석, 훈령·예규·고시의 새 해석, 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우 포함)에 따른 과세예고 통지, 청구금액 5억원 이상, 감사원 지적사항 소명안내를 받지 못한 시정요구 과세처분에 해당하면 국세청장에게 낸다(같은 법 제81조의15 제2항 단서, 국세기본법 시행령 제63조의15 제1항·제5항).
• 청구서에 청구인의 주소 또는 거소와 성명, 세무조사 결과 통지 또는 과세예고통지를 받은 날짜, 청구 세액, 청구 내용 및 이유를 적고, 증거서류나 증거물이 있으면 첨부한다(국세기본법 시행령 제63조의15 제5항).
• 우편으로 내면 우편날짜도장이 찍힌 날(없거나 분명하지 않으면 통상 배송일수를 기준으로 발송한 날로 인정되는 날)을 기준으로 기한 준수를 본다(국세기본법 제61조 제3항, 같은 법 제5조의2 제1항).
• 과세전적부심사 결정은 청구를 받은 날부터 30일 이내에 통지되어야 하고, 20일 이내로 정한 보정기간은 이 기간에 산입하지 않는다(국세기본법 제81조의15 제4항·제6항, 같은 법 제63조 제1항, 같은 법 제65조 제4항).
• 조사를 마친 날과 결과통지일을 대조해 20일 기한을 확인한다. 국외 주소·영업소로 송달 곤란, 주소·영업소 불명, 수취인 부재 반송 등 시행령 제7조의2의 경우처럼 같은 법 제11조 제1항 각 호의 공시송달 사유에 해당하면 40일이다(국세기본법 제81조의12 제1항, 국세기본법 제11조 제1항). 통지 자체를 하지 않아도 되는 예외사유는 이와 따로 확인한다(국세기본법 시행령 제63조의13 제2항).
• 과세전적부심사 결정일과 처분일을 대조한다. 유보 시한은 결정일이고 송달일이 아니다(2026두30542 판결요지 [3]).
• 당초 처분이 취소된 뒤 같은 내용으로 다시 부과되었다면, 부과제척기간 도과로 과세권 행사가 불가능한지와 재통지 뒤 과세전적부심사 기회가 실제로 주어졌는지를 확인한다(2026두30542 판결요지 [1], 이유 1.나.2)).
• 제척기간은 통상 기간과 결정·판결 확정일부터 1년의 처분기간을 나누어 본다(국세기본법 제26조의2 제1항·제2항·제6항 제1호). 재통지일부터 제척기간 만료일까지 3개월 이하이면 과세전적부심사 청구 조항이 적용되지 않는다는 점은 따로 확인한다(국세기본법 제81조의15 제3항 제3호).
• 처분을 다투려면 처분이 있음을 안 날(처분 통지를 받았으면 받은 날)부터 90일 이내에 심사·심판청구를 한다(국세기본법 제61조 제1항, 같은 법 제68조 제1항).
• 이의신청을 거쳤다면 이의신청 결정 통지를 받은 날부터 90일이다(국세기본법 제61조 제2항 본문). 결정기간(30일, 의견서 항변 시 60일) 안에 통지를 받지 못하면 결정기간이 지난 날부터, 재조사 결정 뒤 처분기간(재조사 결정일부터 60일) 안에 결과 통지를 받지 못하면 처분기간이 지난 날부터 센다(같은 법 제66조 제7항, 같은 법 제61조 제2항 제1호·제2호, 같은 법 제65조 제5항). 제63조 제1항의 보정기간은 이 30일 또는 60일 결정기간에 산입하지 않는다(같은 법 제66조 제6항, 같은 법 제65조 제4항).
• 국세 처분 취소소송은 심사·심판 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하고, 이 기간은 불변기간이다(국세기본법 제56조 제3항·제6항).
• 「행정소송법」의 일반 취소소송은 처분이 있음을 안 날부터 90일, 처분이 있은 날부터 1년 안에 제기한다(행정소송법 제20조 제1항 본문·제2항). 제1항 단서에 해당해 행정심판청구가 있었다면 재결서 정본을 송달받은 날부터 90일, 재결이 있은 날부터 1년이다(같은 조 제1항 단서·제2항). 두 경우 모두 1년 제한은 정당한 사유가 있으면 예외다(같은 조 제2항 단서). 처분이 있음을 안 날부터 90일을 넘겨 청구한 부적법한 행정심판의 재결서를 받은 뒤 90일 안에 내도 제소기간을 지킨 것이 되지 않는다(2011두18786 판결요지 [1]). 국세 처분 취소소송은 「행정소송법」 제20조에도 불구하고 심사·심판 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기한다(국세기본법 제56조 제3항 본문).
• 무효확인을 구하는 경우에는 전심절차나 「행정소송법」 제20조의 제소기간 제한이 적용되지 않는다(94누6475 판결요지 [1], 95누3909 판결요지 나, 행정소송법 제38조 제1항).

관련

• 개념·해설
  조세범칙조사의 중복세무조사 금지(같은 세목·과세기간 재조사 금지와 위반 처분의 효과)공매대금 배분취소 소송(재조사 결정 뒤 후속 불복과 제소기간)행정소송에서 처분사유의 교환·변경(과세처분 취소소송에서 처분 동일성의 범위)
• 판례
  2026두305422025다21083794누647595누39092011두18786
• 법령
  국세기본법 제5조의2국세기본법 제11조국세기본법 제26조의2국세기본법 제55조국세기본법 제63조국세기본법 제81조의12국세기본법 제81조의15국세기본법 시행령 제63조의13국세기본법 시행령 제63조의15국세기본법 제56조국세기본법 제61조국세기본법 제65조국세기본법 제66조국세기본법 제68조국세기본법 제80조의2행정소송법 제20조행정소송법 제38조