조세범칙조사의 중복세무조사 금지

같은 세목·과세기간을 다시 조사한다면, 범칙조사도 법정 예외가 있어야 한다(국세기본법 제81조의4 제1항·제2항).
중복세무조사 금지를 위반한 범칙조사에 따른 통고처분으로 낸 벌금 상당액은 국가 상대 민사소송으로 반환을 구할 수 있다(2025다210837 판결요지 [2]·[3]).

쉽게 말하면 — 회사가 법인세 조사를 마친 뒤 같은 사업연도를 다시 범칙조사받는 경우입니다(국세기본법 제81조의4 제1항·제2항).
법정 재조사 사유가 없다면, 세무공무원은 다시 조사할 수 없습니다(국세기본법 제81조의4 제2항).
범칙혐의 자료에 관한 조사실시 심의에서 조세범칙조사심의위원회가 혐의 없다고 의결했다면, 그 자료는 명백한 자료로 인정되지 않습니다(국세기본법 시행령 제63조의2 제4호 단서).
위법한 중복조사에 따른 통고처분으로 벌금 상당액까지 냈다면, 납부자는 국가에 민사상 반환을 청구할 수 있습니다(2025다210837 판결요지 [2]·[3]).

조세범칙조사도 중복세무조사 금지 대상인가?

세무공무원은 법정 예외가 없으면 범칙조사에서도 같은 세목과 같은 과세기간을 재조사할 수 없다(국세기본법 제81조의4 제1항·제2항).
현행법은 세무조사권 남용 금지의 대상에 조세범칙조사를 명시적으로 포함한다(국세기본법 제81조의4 제1항).

조세범칙조사란 세무공무원이 조세범칙행위 등을 확정하기 위해 혐의가 있는 사건을 조사하는 활동이다(조세범 처벌절차법 제2조 제2호·제3호).
세목은 법인세 같은 세금의 종류이고, 과세기간은 해당 세금을 매기는 대상 기간이다(국세기본법 제81조의4 제2항).

지방국세청장·세무서장은 처벌을 위한 증거수집이 필요하거나 연간 조세포탈 혐의금액 등이 시행령 기준 이상이면 범칙조사를 실시해야 한다(조세범 처벌절차법 제7조 제1항).
그러나 범칙조사의 대상에 해당하더라도, 같은 세목·과세기간을 재조사하려면 재조사를 허용하는 법정 사유가 필요하다(국세기본법 제81조의4 제2항).
세무공무원은 필요한 최소 범위에서 조사해야 하고, 조사대상 세목·기간의 과세표준·세액 계산과 관계없는 장부 등의 제출을 요구해서는 안 된다(국세기본법 제81조의4 제1항·제3항).

구법이 적용된 사건에서도 대법원은 범칙조사에 중복세무조사 금지 원칙이 적용된다고 판단했다(2025다210837 판결요지 [2]).
범칙조사는 기본적으로 행정절차이며, 납세자에게 주는 불이익 때문에 적법절차가 더욱 엄격하게 지켜져야 한다는 이유다(2025다210837 판결요지 [2]).
이 판결은 2018년 말 개정 전 법률을 적용한 판단이다(2025다210837 판결요지 [1]·[2]).

일반 세무조사를 범칙조사로 전환하면 곧바로 재조사인가?

납세자는 전환 명칭만으로 재조사 여부를 판단하지 말고, 앞뒤 조사의 대상과 진행 내용을 확인해야 한다(2025다210837 이유 1.나·다·바).
진행 중인 조사에서 조사 성격을 바꾼 경우와, 이미 조사한 세목·기간을 다시 조사한 경우는 조사 이력이 다르다(2025다210837 이유 1.나·다).
조사 시작·종료 시점과 질문·장부 확인의 실제 대상을 대조하면, 앞선 조사와 겹치는 세목·기간을 확인할 수 있다(국세기본법 제81조의4 제1항·제2항).

실제 사건에서 과세관청은 2014년에 회사의 2011~2013년 사업연도 법인세를 통합조사했고, 그에 따른 과세처분도 이루어졌다(2025다210837 이유 1.나).
이후 2018년에 시작한 조사는 당초 2014~2016년 사업연도가 대상이었다(2025다210837 이유 1.다).
과세관청은 그 조사를 진행하던 중 범칙조사로 전환하면서, 조사대상을 2010~2016년 사업연도로 확대했다(2025다210837 이유 1.다).

조세심판원은 이미 조사한 2011~2013년 관련 법인세·부가가치세 부과처분과 소득금액변동통지를 중복세무조사 위반으로 취소했다(2025다210837 이유 1.바).

납세자는 뒤 조사에서 새로 포함한 과세기간을 앞선 조사의 대상 기간과 나란히 확인해야 한다(2025다210837 이유 1.나·다·바).
범칙조사로 전환하면서 이미 조사한 기간까지 대상을 늘렸다면, 그 기간에 재조사 예외가 있는지를 살펴야 한다(국세기본법 제81조의4 제2항).

같은 세목·과세기간을 다시 조사할 수 있는 예외는 무엇인가?

세무공무원은 법률과 시행령이 정한 재조사 사유 중 어느 하나에 해당할 때 같은 세목과 과세기간을 다시 조사할 수 있다(국세기본법 제81조의4 제2항).

법률의 재조사 사유

법률은 다음 사유 중 어느 하나에 해당하는 경우 재조사를 허용한다(국세기본법 제81조의4 제2항).

조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우다(국세기본법 제81조의4 제2항 제1호).
거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우다(국세기본법 제81조의4 제2항 제2호).
둘 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우다(국세기본법 제81조의4 제2항 제3호).
법정 재조사 결정에 따라 조사하는 경우다(국세기본법 제81조의4 제2항 제4호).
다만, 결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정된다(국세기본법 제81조의4 제2항 제4호).
납세자가 세무공무원에게 직무 관련 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우다(국세기본법 제81조의4 제2항 제5호).
법정 부분조사 후 그 조사에 포함되지 않은 부분을 조사하는 경우다(국세기본법 제81조의4 제2항 제6호).
앞선 여섯 사유와 유사한 경우로서 시행령이 정한 경우다(국세기본법 제81조의4 제2항 제7호).

부분조사는 특정 사항을 확인하는 데 필요한 부분만 조사하는 것이다(국세기본법 제81조의11 제3항).
부분조사 후의 재조사 예외를 확인할 때에는 앞서 확인한 항목·거래와 뒤에 조사하려는 부분이 겹치는지 살펴야 한다(국세기본법 제81조의4 제2항 제6호).

시행령의 재조사 사유

시행령은 법률의 위임에 따라 다음 사유 중 어느 하나에 해당하는 경우를 추가로 정한다(국세기본법 시행령 제63조의2).

부동산투기·매점매석·무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의자에 대해 일제조사하는 경우다(국세기본법 시행령 제63조의2 제1호).
과세관청 외의 기관이 직무상 목적으로 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료를 처리하기 위해 조사하는 경우다(국세기본법 시행령 제63조의2 제2호).
국세환급금 결정을 위해 확인조사하는 경우다(국세기본법 시행령 제63조의2 제3호).
조세범칙행위 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우다(국세기본법 시행령 제63조의2 제4호 본문).
다만, 해당 자료에 대해 조사실시 여부를 심의한 조세범칙조사심의위원회가 혐의 없다고 의결했다면 명백한 자료로 인정하지 않는다(국세기본법 시행령 제63조의2 제4호 단서).

범칙조사를 위한 명백한 자료가 제시되면, 납세자는 그 자료에 관해 위원회의 무혐의 의결이 있었는지도 확인해야 한다(국세기본법 시행령 제63조의2 제4호).

위법한 재조사로 과세처분과 통고처분을 받으면 어떻게 되나?

납세자는 금지된 재조사에 따른 과세처분의 위법을 다투고, 효력이 부정되는 통고처분으로 낸 벌금 상당액은 민사상 반환을 청구할 수 있다(2025다210837 판결요지 [1]·[3]).
과세처분은 세금을 부과하는 처분이고, 통고처분은 형사절차를 대신하여 벌금 상당액 등을 납부하도록 하는 절차다(2025다210837 판결요지 [1]·[2]).

과세처분의 위법

구법에 관한 대법원 판결에 따르면, 금지된 재조사에 따른 과세처분은 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하다(2025다210837 판결요지 [1]).
단순히 당초 과세처분의 오류를 경정한 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정은 별도로 고려한다(2025다210837 판결요지 [1]).

과세관청이 위법한 재조사로 얻은 자료를 과세처분의 근거로 쓰지 않았어도 위법하다는 판단은 달라지지 않는다(2025다210837 판결요지 [1]).
그 자료를 빼고도 같은 과세처분을 할 수 있었다는 사정 역시 마찬가지다(2025다210837 판결요지 [1]).
따라서 납세자는 세액 계산의 잘못과 별개로, 금지된 재조사에 따른 과세처분이라는 절차 위반을 주장할 수 있다(2025다210837 판결요지 [1]).

심사·심판청구는 원칙적으로 처분이 있음을 안 날(처분 통지를 받았다면 그 받은 날)부터 90일 이내에 해야 한다(국세기본법 제61조 제1항, 같은 법 제68조 제1항).
이의신청을 거친 경우에는 청구기간을 달리 정한다(국세기본법 제61조 제2항, 같은 법 제68조 제2항).
취소소송은 원칙적으로 심사·심판청구와 그 결정을 거쳐, 결정 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기해야 한다(국세기본법 제56조 제2항·제3항).
다만 재조사 결정에 따른 처분에는 다시 심사·심판을 거치지 않고 제소할 수 있는 예외가 있다(국세기본법 제56조 제2항 단서·제4항).
법정 결정기간에 결정 통지를 받지 못했다면, 그 기간이 지난 날부터 결정을 기다리지 않고 제소할 수 있다(국세기본법 제56조 제3항 단서).

통고처분 벌금 상당액의 반환

범칙조사에 중복세무조사 금지 위반이 있으면, 그 중대한 절차적 하자는 뒤의 통고처분에도 영향을 미쳐 효력이 부정된다(2025다210837 판결요지 [2]).
조세범칙행위의 확증을 얻었다고 하려면, 그 전제가 되는 조사절차도 적법해야 하기 때문이다(2025다210837 판결요지 [2]).
그런 위법한 조사에 따른 통고처분으로 낸 벌금 상당액은 법률상 원인이 없는 이익인 부당이득에 해당한다(2025다210837 판결요지 [3]).

통고처분은 공정력이 있는 행정처분이 아니어서, 통고처분 자체를 행정소송으로 취소해 달라고 청구할 수는 없다(2025다210837 판결요지 [3], 이유 2.나).
납부자는 국가를 상대로 민사소송을 제기해 벌금 상당액의 부당이득반환을 구할 수 있다(2025다210837 판결요지 [3]).
민사법원은 반환 여부를 판단하기에 앞서 통고처분에 효력이 있는지를 판단할 수 있다(2025다210837 판결요지 [3]).

국가에 대한 금전채권은 시효에 관한 다른 법률 규정이 없으면 원칙적으로 권리를 행사할 수 있는 때부터 5년의 소멸시효가 진행한다(국가재정법 제96조 제1항~제3항, 민법 제166조 제1항).

실제 사건에서 원고들은 납부한 벌금 상당액 전부가 아니라, 그중 2013년 범칙행위에 해당하는 금액의 반환을 구했다(2025다210837 이유 1.자).
그 부분은 중복조사로 납부되었고, 심판결정으로 취소된 부과처분에 상응하는 부분도 포함되어 있었다(2025다210837 이유 2.나).
대법원은 원심의 일부 설명이 부적절하다고 보면서도 반환을 인정한 결론은 정당하다고 판단해 상고를 기각했다(2025다210837 이유 2.나·4).

실무 체크포인트

앞뒤 조사의 시작·종료와 대상 세목·과세기간을 확인하고, 이미 조사한 기간이 다시 포함되었는지 대조한다(2025다210837 이유 1.나·다·바).
재조사 사유를 확인할 때에는 재조사 결정의 주문 범위와 부분조사에서 빠져 있던 부분인지도 함께 살핀다(국세기본법 제81조의4 제2항 제4호·제6호).
범칙혐의의 명백한 자료를 이유로 재조사한다면, 해당 자료에 관한 조세범칙조사심의위원회의 무혐의 의결 여부를 확인한다(국세기본법 시행령 제63조의2 제4호 단서).
위법한 재조사로 낸 돈이 세금인지 통고처분 벌금 상당액인지 확인하고, 벌금 상당액은 위법한 조사에 해당하는 납부 부분을 특정한다(2025다210837 이유 1.자·2.나).