과점주주 - 신우법무사

주주 1명과 특수관계인의 주식 합계가 의결권 있는 발행주식 총수의 50%를 넘고 경영에 지배적 영향력(지방세는 권리의 실질적 행사)이 있으면 과점주주다(국세기본법 제39조 제2호, 지방세기본법 제46조 제2호). 유가증권시장·코스닥시장 상장법인을 제외한 회사의 재산이 세금에 모자라면 법정 시점 현재의 과점주주가 부족액에 2차 납세의무를 진다(두 조 본문).

쉽게 말하면 — 갑이 비상장회사 주식 30%를 갖고 배우자가 15%, 아들이 10%를 가져 합계 55%라면, 갑 일가가 회사를 실제로 지배하는 경우 과점주주에 해당합니다(국세기본법 제39조 제2호). 회사가 재산을 다 써도 국세 1억원이 남았고 의결권 있는 발행주식이 1만 주라면, 갑이 실질적으로 권리를 행사하는 주식이 3,000주일 때 갑이 대신 낼 한도는 3,000만원입니다(같은 법 제39조 단서). 다른 경우로, 설립 뒤 갑이 주식을 사들여 일가 합계가 처음으로 50%를 넘어 55%가 됐다면, 그 55% 전부만큼 회사 부동산을 산 것으로 보아 취득세도 냅니다(지방세법 시행령 제11조 제1항).

과점주주에 해당하는지는 어떻게 판단하나

지분 합계가 50%를 넘고 회사를 지배한다는 두 요건을 모두 갖춰야 과점주주다(국세기본법 제39조 제2호). 과점주주란 주주 1명과 그 특수관계인 중 법령이 정한 자로서, 그들의 주식을 합쳐 회사를 지배하는 사람들을 말한다. 여기서 발행주식 총수에는 의결권이 없는 주식을 넣지 않는다. 제외 괄호는 같은 조 단서와 지방세기본법 제46조 단서에 있고 「이하 이 조에서 같다」고 정해 과점주주 정의에도 걸린다. 두 요건은 다음과 같다.

지분 요건: 주주 1명과 그 특수관계인 중 법령이 정한 자의 소유주식 합계가 해당 법인 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다)의 100분의 50을 초과해야 한다(국세기본법 제39조 제2호, 지방세기본법 제46조 제2호). 정확히 50%이면 초과가 아니므로 해당하지 않는다.
지배 요건: 국세에서는 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들이어야 한다(국세기본법 제39조 제2호). 지방세에서는 그 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들이어야 한다(지방세기본법 제46조 제2호).

주식회사의 주주만 대상이 되는 것은 아니다. 국세는 합자회사의 유한책임사원, 유한책임회사의 사원, 유한회사의 사원도 같은 기준으로 보고 이때는 출자액 합계를 출자총액과 비교한다(국세기본법 제39조 제2호 각 목). 지방세는 「주주 또는 유한책임사원 1명」을 기준으로 같은 계산을 한다(지방세기본법 제46조 제2호).

대통령령으로 정하는 시장의 상장법인을 빼는 괄호는 국세기본법 제39조 본문에 있고, 「이하 이 조에서 같다」고 정해 조 전체에 걸린다. 지방세기본법 제46조 본문도 대통령령으로 정하는 시장에 상장한 법인을 제외하는 괄호를 두지만 「이하 같다」는 문언은 없다. 간주취득세를 정한 지방세법 제7조 제5항에는 상장법인을 빼는 괄호가 없다.

주식을 합산하는 특수관계인은 누구까지인가

친족관계와 경제적 연관관계에 있는 자는 모두 합산하고, 경영지배관계는 일부 관계만 출자 기준을 높여 합산한다(국세기본법 시행령 제20조 제2항, 지방세기본법 시행령 제24조 제2항). 특수관계인이란 본인과 친족관계·경제적 연관관계·경영지배관계 가운데 어느 하나에 있는 자를 말한다(국세기본법 제2조 제20호). 이 경우 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다(지방세기본법 제2조 제1항 제34호).

국세에서 합산할 특수관계인은 국세기본법 시행령 제20조 제2항이 가리키는 같은 영 제18조의2 각 호의 관계에 있는 자다. 지방세는 지방세기본법 시행령 제24조 제2항 각 호가 같은 세 관계를 정한다. 세 관계의 범위는 아래와 같다.

친족관계

다음 어느 하나에 해당하는 관계가 친족관계다(국세기본법 시행령 제1조의2 제1항). 지방세기본법 시행령 제2조 제1항도 같은 관계를 정한다.

4촌 이내의 혈족
3촌 이내의 인척
배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함한다)
친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자ㆍ직계비속
본인이 「민법」에 따라 인지한 혼인 외 출생자의 생부나 생모(본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 사람 또는 생계를 함께하는 사람으로 한정한다)

경제적 연관관계

다음 어느 하나에 해당하는 관계가 경제적 연관관계다(국세기본법 시행령 제1조의2 제2항).

임원과 그 밖의 사용인
본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 자
위 두 항목에 해당하는 자와 생계를 함께하는 친족

경영지배관계

경영지배관계 가운데 과점주주 판단에 들어가는 것은 다음 세 관계다(지방세기본법 시행령 제24조 제2항 제3호). 국세도 국세기본법 시행령 제18조의2 제3호가 같은 세 관계를 정한다(같은 영 제20조 제2항).

본인이 개인이면, 본인이 직접 또는 친족관계·경제적 연관관계에 있는 자를 통해 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 법인(국세기본법 시행령 제1조의2 제3항 제1호 가목)
본인이 법인이면, 직접 또는 친족관계·경제적 연관관계에 있는 자를 통해 본인인 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 개인 또는 법인(같은 항 제2호 가목)
본인이 법인이면, 본인이 직접 또는 경제적 연관관계나 바로 앞 항목(제2호 가목)의 관계에 있는 자를 통해 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 법인(같은 항 제2호 나목)

지배적인 영향력은 다음 어느 하나에 해당하면 행사하는 것으로 본다(국세기본법 시행령 제1조의2 제4항).

영리법인: 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자했거나, 임원 임면권 행사·사업방침 결정 등으로 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우
비영리법인: 이사의 과반수를 차지하거나, 설립을 위한 출연재산의 100분의 30 이상을 출연하고 그중 1인이 설립자인 경우

과점주주 판단에서는 위 두 「100분의 30」을 각각 「100분의 50」으로 본다(지방세기본법 시행령 제24조 제2항 제3호, 국세기본법 시행령 제18조의2 제3호).

간주취득세를 판단할 때의 범위

간주취득세에서 합산하는 특수관계인은 2차 납세의무보다 좁다(지방세법 시행령 제10조의2 제1항). 같은 항은 본인 1명과 다음 어느 하나에 해당하는 특수관계인만 과점주주로 묶는다.

지방세기본법 시행령 제2조 제1항 각 호의 친족관계에 있는 사람
임원과 그 밖의 사용인 가운데 주주 또는 유한책임사원인 사람
본인이 개인이면, 본인이 직접 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 법인
본인이 법인이면, 직접 본인인 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 개인·법인
본인인 법인이 직접 또는 바로 위 개인·법인을 통해 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 법인

이때 지배적인 영향력은 영리법인이면 100분의 50 이상 출자, 비영리법인이면 이사 과반수 또는 설립 출연재산 100분의 50 이상 출연(그중 1명이 설립자)으로 판단한다(지방세법 시행령 제10조의2 제2항).

회사가 세금을 못 내면 과점주주가 대신 내야 하나

유가증권시장·코스닥시장 상장법인을 제외한 회사의 재산으로 세금을 충당해도 부족하면, 과점주주는 그 부족액에 대해 2차 납세의무를 진다(국세기본법 제39조). 제2차 납세의무자란 납세자가 납세의무를 이행할 수 없는 경우에 납세자를 갈음하여 납세의무를 지는 자를 말한다(같은 법 제2조 제11호). 다음 세 조건이 모두 맞아야 이 의무가 생긴다.

대상 법인: 유가증권시장 또는 코스닥시장에 주권이 상장된 법인은 제외된다(국세기본법 시행령 제20조 제1항, 지방세기본법 시행령 제24조 제1항).
재산 부족: 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족해야 한다(국세기본법 제39조). 지방세는 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우다(지방세기본법 제46조).
판단 시점: 국세는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 과점주주여야 한다(국세기본법 제39조). 지방세는 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목은 납기개시일) 현재로 본다(지방세기본법 제46조).

판단 시점이 세금마다 정해지므로, 회사 주식을 사들이거나 넘기는 경우에는 각 세금의 성립일에 누가 과점주주였는지를 따로 확인해야 한다(국세기본법 제39조).

대법원은 구 국세기본법 제39조 사안에서, 과점주주의 2차 납세의무는 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외이므로 그 적용 요건을 엄격하게 해석하여야 한다고 했다(2025두33121 판결요지 [1]). 이 판결이 적용한 구 제39조 제2호는 지배 요건을 「그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들」로 정했으나, 현행 제2호는 「그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들」로 정한다(2025두33121 판결 이유, 국세기본법 제39조 제2호). 같은 판결은 2차 납세의무를 지는 과점주주인지의 판단 시점을 본래 납세의무자의 납세의무 성립일로 보았다(2025두33121 판결요지 [2]). 그리고 특별한 사정이 없는 한, 회생절차 개시 전까지 과점주주였던 주주가 법원으로부터 회생절차개시결정을 받아 그 회생절차가 진행되는 동안에는 그 주주(채무자)가 2차 납세의무를 부담하는 과점주주 지위에 있지 않다고 했다(2025두33121 판결요지 [2]).

대신 내야 하는 금액은 얼마까지인가

부족액을 발행주식 총수로 나눈 금액에 그 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수를 곱한 금액이 한도다(국세기본법 제39조 단서). 지방세도 같은 방식으로 한도를 정한다(지방세기본법 제46조 단서).

이 계산에서 의결권이 없는 주식은 발행주식 총수에서도, 과점주주의 주식 수에서도 뺀다(국세기본법 제39조 단서). 유한회사처럼 출자로 계산하는 법인은 발행주식 총수 대신 출자총액, 주식 수 대신 출자액을 넣는다(지방세기본법 제46조 단서).

주식을 사서 과점주주가 되면 취득세를 내나

주식이나 지분을 취득해 과점주주가 되면 그 과점주주가 회사의 부동산등을 취득한 것으로 보아 취득세를 낸다(지방세법 제7조 제5항). 간주취득세란 실제로 부동산을 사지 않았어도 이렇게 취득으로 보아 매기는 취득세다. 여기서 부동산등은 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권과 골프·승마·콘도미니엄·종합체육시설 이용·요트 회원권을 말한다(같은 법 제7조 제1항).

과세 여부와 범위는 다음 사정으로 정해진다.

과점주주의 범위: 지방세기본법 제46조 제2호의 과점주주 가운데 앞에서 본 좁은 범위의 특수관계인으로 묶인 과점주주만 해당한다(지방세법 시행령 제10조의2 제1항).
신탁재산 포함: 법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기·등록된 부동산등도 취득한 것으로 보는 대상에 들어간다(지방세법 제7조 제5항).
설립 시 예외: 법인설립 시에 발행하는 주식이나 지분을 취득해 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 않는다(지방세법 제7조 제5항).
연대납세의무: 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 지방세기본법 제44조를 준용한다(지방세법 제7조 제5항). 같은 조 제5항이 민법 제413조·같은 법 제414조를 준용하므로, 과점주주 각자가 그 취득세 전부를 납부할 의무를 지고, 과세관청은 어느 과점주주에게나 또는 모든 과점주주에게 전부나 일부의 납부를 청구할 수 있다. 2차 납세의무처럼 지분 비율로 한도를 정하는 단서는 지방세법 제7조 제5항에 없다.
면제: 지방세특례제한법 제57조의2 제5항 각 호에 해당하면 이 취득세를 2027년 12월 31일까지 면제한다. 각 호에는 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」에 따른 제3자 인수·계약이전 명령이나 계약이전결정을 받은 부실금융기관으로부터 주식 또는 지분을 취득하는 경우와 금융기관이 법인에 대한 대출금을 출자로 전환해 그 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 경우가 있다. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 「금융지주회사법」에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우도 들어간다(같은 항 제1호~제3호). 이 지주회사에는 금융지주회사가 포함되지만, 동일한 기업집단 내 계열회사가 아닌 회사의 과점주주인 경우는 제외된다(같은 항 제3호). 다만 지주회사의 설립·전환일부터 3년 이내에 지주회사 요건을 상실하는 경우 등 같은 항 제3호·제7호 단서에 해당하면 면제받은 취득세를 추징한다. 면제 대상이어도 산출한 취득세 세액이 200만원 이하인 경우가 아니면 100분의 85에 해당하는 감면율을 적용한다(「지방세특례제한법」 제177조의2 제1항).

취득한 것으로 보는 지분은 어떻게 정해지나

처음 과점주주가 되면 그날 가진 주식등 전부를, 이미 과점주주이면 늘어난 비율만 취득으로 본다(지방세법 시행령 제11조 제1항·제2항). 주식등의 비율이란 해당 법인의 주식등 총액에 대해 과점주주가 가진 주식등의 비율이다(같은 영 제11조 제2항). 언제 과점주주가 되었는지에 따라 다음 세 경우로 나뉜다.

처음 과점주주가 된 경우

과점주주가 아닌 주주나 유한책임사원이 다른 주주의 주식등을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 되면, 그날 현재 소유한 주식등을 모두 취득한 것으로 본다(지방세법 시행령 제11조 제1항). 새로 산 주식 몫만이 아니라 이미 갖고 있던 주식까지 합친 비율이 과세 범위다.

이미 과점주주가 지분을 늘린 경우

이미 과점주주인 주주나 유한책임사원이 주식등을 취득해 주식등의 비율이 늘면 그 증가분을 취득으로 본다(지방세법 시행령 제11조 제2항). 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 그 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 않은 경우에는 취득세를 부과하지 않는다(같은 항 단서).

과점주주에서 벗어났다가 다시 된 경우

주식등의 양도나 법인의 증자 등으로 과점주주가 아니게 된 사람이 주식등을 취득해 다시 과점주주가 될 수 있다. 이때는 다시 과점주주가 된 당시의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 비율보다 증가된 경우에만 그 증가분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 따라 취득세를 부과한다(지방세법 시행령 제11조 제3항).

간주취득세는 얼마이고 언제까지 신고하나

과세표준에 중과기준세율을 적용해 계산하고, 취득한 날부터 60일 이내에 신고·납부하여야 한다(지방세법 제15조 제2항 제3호, 같은 법 제20조 제1항). 중과기준세율이란 세율 특례의 기준이 되는 1천분의 20을 말한다(같은 법 제6조 제19호).

취득세 납세지는 취득물건별로 정해져 있다. 부동산은 부동산 소재지, 차량은 「자동차관리법」에 따른 등록지(등록지가 사용본거지와 다르면 사용본거지)다(지방세법 제8조 제1항). 과점주주의 취득세 과세자료를 확인한 시장·군수·구청장은 과세물건이 다른 시·군·구에 있으면 그 관할 시장·군수·구청장에게 주식등의 비율, 과세물건, 가격명세 등 부과에 필요한 자료를 지체 없이 통보하여야 한다(지방세법 시행령 제11조 제4항).

세액은 다음 순서로 정해진다.

과세표준: 부동산등의 총가액을 주식 또는 출자의 총수로 나누고 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한다(지방세법 제15조 제2항 제3호, 같은 법 제10조의6 제4항). 총가액은 해당 법인의 결산서와 그 밖의 장부 등에 따른다(같은 항). 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 취득당시가액과 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 한다(같은 항 후단).
세율: 원칙은 중과기준세율인 1천분의 20이다(지방세법 제15조 제2항). 다만, 취득물건이 같은 법 제13조 제1항(과밀억제권역의 본점·주사무소 사업용 신·증축 건축물과 부속토지 등)에 해당하면 중과기준세율의 100분의 300을 적용한다. 같은 조 제5항(골프장·고급주택·고급오락장·고급선박)에 해당하면 100분의 500을 적용한다(같은 법 제15조 제2항 단서).
지방교육세: 취득세분 지방교육세의 계산 대상에서 제15조 제2항에 해당하는 취득물건은 제외된다(지방세법 제151조 제1항 제1호).
농어촌특별세: 농어촌특별세법 제4조 각 호의 비과세에 해당하면 부과하지 않는다. 제4조 제10호의2 「「지방세법」 제124조에 따른 자동차에 대한 취득세」처럼 취득 원인을 묻지 않는 호도 있다(같은 조). 비과세가 아니면 제15조 제2항에 따라 계산한 취득세액을 과세표준으로 보아 100분의 10을 곱한다(같은 법 제5조 제1항 제6호·제5항). 이때 중과 단서가 적용되지 않으면 취득세 과세표준의 0.2%가 된다(같은 조 제5항). 취득세를 면제·감면받았다면 이와 별도로 그 감면세액에 100분의 20을 곱한 농어촌특별세도 따져야 한다(같은 법 제5조 제1항 제1호). 다만 같은 법 제4조 제12호에 따라 농어촌특별세법 시행령 제4조 제7항 각 호의 감면은 비과세이고, 같은 항 제1호의6은 농협경제지주회사 또는 농협금융지주회사에 대한 「지방세특례제한법」 제57조의2제5항제3호에 따른 감면을 든다. 그 밖의 면제가 비과세인지는 같은 항 각 호의 문언으로 확인한다.

실무 체크포인트

본인과 특수관계인의 지분을 합산해 50% 초과 여부부터 계산한다. 배우자·4촌 이내 혈족·3촌 이내 인척 등 친족 지분을 더하면 본인 지분이 50% 이하여도 과점주주가 될 수 있다(국세기본법 제39조 제2호, 국세기본법 시행령 제20조 제2항, 같은 영 제18조의2 제1호, 지방세기본법 시행령 제24조 제2항 제1호). 친족의 범위는 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항이 정한다. 분모인 발행주식 총수에서는 의결권이 없는 주식을 뺀다(국세기본법 제39조 단서).
회사가 유가증권시장·코스닥시장 상장법인인지 확인한다. 이 두 시장에 상장된 법인이면 2차 납세의무 대상 법인에서 제외된다(국세기본법 시행령 제20조 제1항, 지방세기본법 시행령 제24조 제1항). 간주취득세를 정한 지방세법 제7조 제5항에는 그 제외 괄호가 없다.
주식을 사기 전 회사 세금의 성립일과 체납 여부를 확인한다. 2차 납세의무는 국세는 그 국세의 납세의무 성립일, 지방세는 과세기준일 또는 납세의무성립일(규정이 없는 세목은 납기개시일) 현재 과점주주인 사람이 진다(국세기본법 제39조, 지방세기본법 제46조).
취득 뒤 비율을 기록해 둔다. 처음 과점주주가 되면 보유 주식등 전부가 과세 범위다(지방세법 시행령 제11조 제1항). 이미 과점주주이면 증가분이 과세 범위이고, 늘어난 뒤 비율이 이전 최고비율보다 높지 않으면 부과하지 않는다(같은 영 제11조 제2항).
취득세 신고·납부 기한 60일을 지킨다. 간주취득세도 취득세이므로 취득한 날부터 60일 이내에 신고하고 납부하여야 한다(지방세법 제20조 제1항).
설립 때 받은 주식인지 확인한다. 법인설립 시에 발행하는 주식을 취득해 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 않는다(지방세법 제7조 제5항).

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